docker 运行与已激活的 conda 环境交互

Question

我想创建一个 docker 图像，这样当您运行它以交互方式运行时，conda 环境已经被激活。

当前状态：

docker run -it my_image
(base) root@1c32ba066db2:~# conda activate my_env
(my_env) root@1c32ba066db2:~#

期望状态：

docker run -it my_image
(my_env) root@1c32ba066db2:~#

更多信息：

在我的 Dockerfile 中，我包含了安装 conda、创建环境和激活环境所需的所有 RUN 命令。相关部分转载如下。

SHELL [ "/bin/bash", "--login", "-c" ]

...

# Install miniconda.
ENV CONDA_DIR $HOME/miniconda3
RUN wget --quiet https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -O ~/miniconda.sh && \
    chmod +x ~/miniconda.sh && \
    ~/miniconda.sh -b -p $CONDA_DIR && \
    rm ~/miniconda.sh
# Make non-activate conda commands available.
ENV PATH=$CONDA_DIR/bin:$PATH
# Make conda activate command available from /bin/bash --login shells.
RUN echo ". $CONDA_DIR/etc/profile.d/conda.sh" >> ~/.profile
# Make conda activate command available from /bin/bash --interative shells.
RUN conda init bash

# Create and activate the environment.
RUN conda env create --force -f environment.yml
RUN conda activate my_env

当我运行这个的时候，conda activate my_env好像运行又成功了。但是当我用 docker run -it 交互输入时，激活的环境是 (base).

此外，我试过将最后一个命令设置为 CMD conda activate my_env，但它只是运行并且没有进入交互模式。

Answer 1

每个 RUN 语句（包括 docker run）都在新的 shell 中执行，因此不能简单地在 RUN 命令中激活环境并期望它在随后的 RUN 命令中继续处于活动状态。

相反，您需要在 shell 初始化过程中激活环境。 SHELL 命令已经更改为包含 --login，这很棒。现在您只需将 conda activate my_env 添加到 .profile 或 .bashrc:

...
# Create and activate the environment.
RUN conda env create --force -f environment.yml
RUN echo "conda activate my_env" >> ~/.profile

并确保这是在 Conda 添加的部分之后。

Answer 2

我的 Dockerfile 中的以下代码执行您描述的操作：

# Install anaconda
RUN cd $HOME && wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py38_4.10.3-Linux-x86_64.sh && bash Miniconda3-py38_4.10.3-Linux-x86_64.sh -b -p $HOME/miniconda
# Create env
RUN $HOME/miniconda/bin/conda init bash
RUN $HOME/miniconda/bin/conda env create -f my_env.yml
# Activate conda environment on startup
RUN echo "export PATH=$HOME/miniconda/bin:$PATH" >> $HOME/.bashrc
RUN echo "conda init bash" >> $HOME/.bashrc
RUN echo "conda activate my_env" >> $HOME/.bashrc
SHELL ["/bin/bash"]

结果：

(my_env) root@e5fe69843fa1:/#

当运行一个交互式容器时。

记得将 my_env 的所有实例更改为您的 conda 环境的名称。

docker 运行与已激活的 conda 环境交互

docker run interactive with conda environment already activated

docker

conda

dockerfile

docker 运行 与已激活的 conda 环境交互

docker run interactive with conda environment already activated

docker

conda

dockerfile

docker 运行与已激活的 conda 环境交互