python 图形工具加载 csv 文件

Question

我正在将 csv 文件中的有向加权图加载到 python 中的图形工具图中。输入csv文件的组织结构为：

1,2,300

2,4,432

3,89,1.24

...

其中一行的前两个条目标识边的源和目标，第三个数字是边的权重。

目前我正在使用：

g = gt.Graph()
e_weight = g.new_edge_property("float")
csv_network = open (in_file_directory+ '/'+network_input, 'r')
csv_data_n = csv_network.readlines()
for line in csv_data_n:
    edge = line.replace('\r\n','')
    edge = edge.split(delimiter)
    e = g.add_edge(edge[0], edge[1])
    e_weight[e] = float(edge[2])

但是加载数据需要很长时间（我有 1000 万个节点的网络，大约需要 45 分钟）。我试图通过使用 g.add_edge_list 使其更快，但这仅适用于未加权的图形。有什么建议可以让它更快吗？

Answer 1

我建议您尝试使用 csv 库获得的性能。此示例 returns edge 包含 3 个参数的列表。

import csv

reader = csv.reader(open(in_file_directory+ '/'+network_input, 'r'), delimiter=",")

for edge in reader:
    if len(edge) == 3:
        edge_float = [float(param) for param in edge]

所以你会得到以下与......

edge_float = [1.0, 2.0, 300.0]

Answer 2

这已在 graph-tool 的邮件列表中得到回答：

http://lists.skewed.de/pipermail/graph-tool/2015-June/002043.html

简而言之，你应该像你说的那样使用函数g.add_edge_list()，并且把权重分开通过属性映射的数组接口：

e_weight.a = weight_list

权重列表应该与您传递给的边具有相同的顺序 g.add_edge_list().

python 图形工具加载 csv 文件

python graph-tool load csv file

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