如何在字符向量列表上使用 seqinr::computePI

Question

这是输入数据的样子（代表性样本）。

sample1        MAQSVNIQDQYLNQ
sample2        MAADRAQNLQDTFLNHV
sample3        MAERSQNLQ

我正在尝试使用 seqinr 库中的 computePI() 函数对第二列执行计算。为此，我需要将第二列中的字符串转换为单个字符的向量，并将其用作 computePI() 的输入。为此，我尝试使用 strsplit()。它适用于单个字符串：

library(seqinr)
str <- c("MAQSVNIQDQYLNQ")
unlist(strsplit(str, split = ""))
#R> [1] "M" "A" "Q" "S" "V" "N" "I" "Q" "D" "Q" "Y" "L" "N" "Q"

其次是：

computePI(unlist(strsplit(str, split = "")))
#R> [1] 3.799404

将使用read.csv读取的输入数据保存到变量后：

data <- read.csv("filename", header = FALSE, sep = "\t")

我尝试了以下方法：

computePI(unlist(strsplit(data$V2, split = "")))

但是出现错误提示我输入的不是字符串。我该如何解决这个问题？

Answer 1

您可以使用 sapply :

sapply(strsplit(data$V2, split = ""), seqinr::computePI)

Answer 2

您可以使用 Vectorize:

library(seqinr)
VcomputePI <- Vectorize(computePI)
VcomputePI(strsplit(dat$V2, split = ""))
#R> [1] 3.799404 5.194135 5.753213

或 sapply/lapply/vapply，如所示。 vapply 可能是最快的：

vapply(strsplit(dat$V2, split = ""), computePI, 0.)
#R> [1] 3.799404 5.194135 5.753213

dat <- data.frame(
  V1 = paste0("sample", 1:3), 
  V2 = c("MAQSVNIQDQYLNQ", "MAADRAQNLQDTFLNHV", "MAERSQNLQ"), 
  stringsAsFactors = FALSE)

How to use seqinr::computePI on a list of character vectors