r shiny {gtsummary} by= 来自第二个 SelectInput 的参数反应

Question

到目前为止：

我想要一个 gtsummary table，其中包含以反应方式 (Input$y) 从 SelectInput 字段中选择的变量。这已经实现了。现在我想从第二个反应性 SelectInput 字段 (Input$x) 中为 gtsummary 选择 by= 参数。尝试了很多但没有成功。感谢您的帮助。

我的代码：

library(shiny)
library(gtsummary)
library(gt)
# make dataset with a few variables to summarize
iris2 <- iris %>% select(Sepal.Length,  Sepal.Width, Species)
# add fake factor column 
iris2 <- iris2 %>% 
  mutate(Species_1 = Species)


shinyApp(
  ui = fluidPage(
    fluidRow(
      column(12,
             # Select variable to analyze
             selectInput(inputId = "y", 
                         label = "Y-Variable:", 
                         choices = c("Sepal Length" ="Sepal.Length",
                                    "Sepal Width" = "Sepal.Width"),
                         selected = "Sepal.Length"),
             
             # select factor variable
             selectInput(inputId = "x",
                         label = "Factor:",
                         choices = c("Species" = "Species", 
                                   "Other Species" = "Species_1"),
                         selected = "Species"),
             
             gt_output('table')
      )
    )
  ),
  server = function(input, output) {

    varY <- reactive({
      input$y
      })
    varX <- reactive({
      input$x
      })
    
    output$table <- render_gt({
      
      table1 <- iris2 %>% select(iris2, all_of(varY())) %>%
        tbl_summary(by = varX()) %>%
        add_p(pvalue_fun = ~style_pvalue(.x, digits = 2)) %>% as_gt()
  })
      
})

Answer 1

这可以这样实现：

您重复了数据集的名称，即 iris2 %>% select(iris2, all_of(varY())) 应该只是 iris2 %>% select(all_of(varY()))
您还必须 select by 变量，即 select(all_of(c(varY(), varX())))

将反应函数直接传递给by会出错。因此，我添加了一个辅助变量 by，我将其传递给 tbl_summary 的 by 参数。

output$table <- render_gt({
  by <- varX()
  table1 <- iris2 %>% 
    select(all_of(c(varY(), by))) %>%
    tbl_summary(by = by) %>%
    add_p(pvalue_fun = ~style_pvalue(.x, digits = 2)) %>% as_gt()
})

r shiny {gtsummary} by= 来自第二个 SelectInput 的参数反应

r shiny {gtsummary} by= argument reactive from a second SelectInput

r

shiny

reactive

gtsummary

gt