将变量函数标签添加到 R 中的三元图

Question

我想将我的数据绘制成三元图，其中基因在三种条件之一下上升或下降，即。更接近显示更高值的条件。

每个变量的值是否独立于值进行标准化？
我可以为选定的“基因”变量添加一个标签，该变量表示变量“func2”吗？

这是我获得的（顶部）和我想要的（底部）的可重现示例

gene <- c("Gene1", "Gene2", "Gene3", "Gene4","Gene5", "Gene6")
func1 <- c("A", "B", "C", "D", "C", "A")
func2 <- c("A1", "B1", "C1", "D1", "C2", "A2")
Cond1 <- c(0.007623561, 0.004639893, 0.000994121, 0.017494429, 0.000366445, 0.006663334)
Cond2 <- c(0.011299941, 0.009994388, 0.001012428, 0.013695669, 0.000299771, 0.010287904)
Cond3 <- c(0.005055458, 0.016826251, 0.001311254, 0.016115009, 0.000242897, 0.004583889)
df <- data.frame(gene, func1, func2, Cond1, Cond2, Cond3)


library(ggplot2) 
library(ggtern) 
ggtern(data=df,aes(x=Cond1,y=Cond2,z=Cond3,color=func1)) +
theme_bw() +
geom_point() +
labs(x="Cond1",y="Cond2",z="Cond3") +
scale_T_continuous(breaks=unique(df$x))+ 
scale_L_continuous(breaks=unique(df$y))+ 
scale_R_continuous(breaks=unique(df$z))

Answer 1

我们先存储原图：

library(ggtern)

g = ggtern(data=df,aes(x=Cond1,y=Cond2,z=Cond3,color=func1)) +
theme_bw() +
geom_point() +
labs(x="Cond1",y="Cond2",z="Cond3") +
scale_T_continuous(breaks=unique(df$x))+ 
scale_L_continuous(breaks=unique(df$y))+ 
scale_R_continuous(breaks=unique(df$z))

使用 geom_label_viewport() 选项的简单注释图如下所示：

g + geom_text(aes(label=func2),hjust=-0.2,vjust=-0.2,size=3)

您可以像这样将点子集化为标签：

g + geom_text(data=~subset(.,func2 %in% c("C2","B1")),
aes(label=func2),hjust=-0.2,vjust=-0.2,size=3)

将变量函数标签添加到 R 中的三元图

Add variable function label to ternary plot in R

r

ggplot2

ggtern