对于固定值 `Petal.Length` 和 `Species`，我如何绘制 `Sepal.Length` 和 `Sepal.Width` 之间的关系？

Question

我是运行 LME，我想绘制我的响应变量与我的一个预测变量之间的关系，保持另一个预测变量不变，并通过 ID（被视为随机因素）。

类似地，使用iris dataframe 示例，它对应于：

library(nlme)
library(ggplot2)

df <- iris[,c("Sepal.Length","Sepal.Width","Petal.Length","Species")]

mod <-nlme::lme(Sepal.Length ~ Sepal.Width * Petal.Length, random= ~ 1|Species, data = df,method="REML")

如您所见，species 用作随机因子。在这个例子中，我想绘制的是 Sepal.Length 和 Sepal.Width 之间的线性关系保持不变 Petal.Length 和 species.

我试过这个：

Plot <- ggplot(df, aes(x=Sepal.Width, y=Sepal.Length, colour=Species)) + 
  geom_point(size=1.7,alpha=0.6) +
  geom_line(aes(y=predict(mod, Petal.Length=mean(iris$Petal.Length)), group=Species), size=2.1)
Plot

然而，情节和我这样做是一样的：

Plot <- ggplot(df, aes(x=Sepal.Width, y=Sepal.Length, colour=Species)) + 
  geom_point(size=1.7,alpha=0.6) +
  geom_line(aes(y=predict(mod), group=Species), size=2.1)
Plot

所以，我没有保持不变Petal.Length。我也知道我没有保持不变 Petal.Length 因为我没有得到每个物种的直线。也就是说，Petal.Length 的合并使线条变得不规则，因为当我在我的模型中不考虑 Petal.Length 时，我得到这个：

mod.b <-nlme::lme(Sepal.Length ~ Sepal.Width, random= ~ 1|Species, data = df,method="REML")

Plot <- ggplot(df, aes(x=Sepal.Width, y=Sepal.Length, colour=Species)) + 
  geom_point(size=1.7,alpha=0.6) +
  geom_line(aes(y=predict(mod.b), group=Species), size=2.1)
Plot

那么，有人知道如何在根据随机因素绘制 LME 模型的线性预测时保持一个预测变量 (Petal.Length) 不变吗？

如有任何帮助，我将不胜感激

Answer 1

我想这就是您要找的：

library(ggplot2)
newdf <- df
newdf$Petal.Length <- ave(newdf$Petal.Length, newdf$Species)

ggplot(df, aes(x=Sepal.Width, y=Sepal.Length, colour=Species)) + 
 geom_point(size=1.7,alpha=0.6) +
 geom_line(aes(y=predict(mod, newdf), group=Species), size=2.1)

备注：

您以错误的方式使用了 predict 函数。您需要添加一组全新的数据，而不仅仅是一列。此外，您编写新专栏的方式是错误的，因为您实际上为 predict 函数提供了一个名为 Petal.Length 的参数，该参数属于 ...，因此被忽略。
我用ave计算了每组的平均值，否则你的结果就没有意义。如果您尝试通过以这种方式计算 Petal.Length 的平均值来绘制图表 newiris$Petal.Length <- mean(newiris$Petal.Length)，您就会明白我的意思。

当你写：

ave(newdf$Petal.Length, newdf$Species)

ave 为 newdf$Species

定义的每个组计算 newdf$Petal.Length 的平均值

对于固定值 `Petal.Length` 和 `Species`，我如何绘制 `Sepal.Length` 和 `Sepal.Width` 之间的关系？

How can I plot the relationship between `Sepal.Length` and `Sepal.Width` for a fixed value of `Petal.Length` and by `Species`?

r

ggplot2

mixed-models