如何使用 Slurm 的用户输入

Question

我正在寻找通过 SLURM 在 shell 提示中使用输入。例如，当我使用一个简单的 bash 脚本时：

#!/bin/bash

echo What\'s the path of the files? 

read mypath

echo What\'s the name you want to give to your archive with the files of $mypath? 

read archive_name

echo Ok, let\'s create the archive $archive_name

for i in $mypath/*;
do if [[ -f $i ]]; then
   tar -cvf $archive_name $mypath/*;
   fi;
done

我在提示中使用：

bash my_script.sh 

What's the path of the files? 
/the/path/of/the/files
What's the name you want to give to your archive with the files of $mypath?
my_archive.tar

并创建存档 my_archive.tar。但现在，我必须将该脚本与 SLURM 一起使用。当我使用 sbatch my_script.sh 时，它会自动在作业中提交脚本，我无法添加我的输入：/the/path/of/the/files 和 my_archive.tar

有什么想法吗？

Answer 1

你有两个选择：

修改脚本，使其使用参数而不是交互式问题。

脚本将如下所示：

#!/bin/bash

mypath=${1?Usage: [=10=] <mypath> <archive_name>}
archive_name=${2?Usage: [=10=] <mypath> <archive_name>}    

echo Ok, let\'s create the archive $archive_name

for i in $mypath/*;
do if [[ -f $i ]]; then
   tar -cvf $archive_name $mypath/*;
   fi;
done

此脚本将是运行和 bash my_script.sh /the/path/of/the/files my_archive.tar 而不是 bash my_script.sh 。第一个参数在脚本的 </code> 变量中可用，第二个参数在 <code> 中，依此类推。参见 this for more info.

如果脚本不是运行且至少有两个参数，语法 $(1?Usage...) 是发出错误消息的简单方法。参见 this for more information

或者，

使用 Expect 自动回答问题

expect 命令是（来自文档）

a program that "talks" to other interactive programs according to a script.

您可以像这样使用 Expect 脚本：

#!/usr/bin/expect
spawn my_script.sh
expect "What's the path of the files?"
send "/the/path/of/the/files\r"
expect -re "What's the name you want to give to your archive with the files of .*"
send "my_archive.tar\r"
expect

在使 Expect 脚本可执行后，它给出以下内容：

$ ./test.expect 
spawn my_script.sh
What's the path of the files?
/the/path/of/the/files
What's the name you want to give to your archive with the files of /the/path/of/the/files?
my_archive.tar
Ok, let's create the archive my_archive.tar

您可以运行 Slurm 提交脚本中的 Expect 脚本。

如何使用 Slurm 的用户输入

How to use User Inputs with Slurm

bash

slurm

sbatch