Snakemake 包装器中（bio）conda 版本的最佳实践？
Best practices for (bio)conda versions in Snakemake wrappers?
使用 conda 在 Snakemake 包装器中指定包的最佳 environment.yml 做法是什么？
我理解频道应该是：
channels:
- conda-forge
- bioconda
- base
但是，什么是指定包的好选择？我不指定版本吗？完整版本？
使用完整版导致之前使用infinite/super长的conda环境解决问题。但是，不固定版本会带来隐式升级到包的不兼容版本的风险。
我是只指定直接依赖关系，还是应该将 conda env export 的输出放在那里以便所有内容都被冻结？
对于包版本 数字，我通常会选择固定主要版本和次要版本。这样，用户将在创建环境时获得最新的安全补丁和错误修复，而不会以向后不兼容的方式进行任何更改（只要开发人员正确遵循 semantic versioning）。
另外，我 只指定直接依赖关系 并让环境求解器处理任何隐式依赖关系。这提供了一定程度的自由来满足不同包的不同需求，而通常包的配方应该指定对特定版本的任何限制。
另一种避免（未来）冲突并保持快速创建环境的方法是保持环境尽可能小和精细 ()。如果不同的规则只共享一些依赖关系而不共享其他依赖关系，我宁愿为每个规则创建单独的最小环境，也不愿重用更大的环境。 Snakemake 包装器无论如何都会这样做，因为每个包装器都有自己的环境定义。
，同样适用于频道：只指定您实际使用的频道，不需要指定base任何频道更多的。并且在使用mamba时，可以指定bioconda作为第一个通道。
谈到 mamba：如果速度很重要，我目前 使用 mamba to do the environment solving -- it is usually much faster than conda and is better at ensuring that you get the most up to date version of packages. In snakemake, you can use it via --conda-frontend mamba as also pointed out in 。
但是，当然一切总是取决于。如果您知道包的配方未处理的版本不兼容，则可能需要指定和固定隐式依赖项。如果您的软件创建的输出可以随补丁版本而变化，那么您当然必须固定补丁版本。
使用 conda 在 Snakemake 包装器中指定包的最佳 environment.yml 做法是什么？
我理解频道应该是：
channels:
- conda-forge
- bioconda
- base
但是，什么是指定包的好选择？我不指定版本吗？完整版本？
使用完整版导致之前使用infinite/super长的conda环境解决问题。但是，不固定版本会带来隐式升级到包的不兼容版本的风险。
我是只指定直接依赖关系，还是应该将 conda env export 的输出放在那里以便所有内容都被冻结？
对于包版本 数字，我通常会选择固定主要版本和次要版本。这样，用户将在创建环境时获得最新的安全补丁和错误修复，而不会以向后不兼容的方式进行任何更改（只要开发人员正确遵循 semantic versioning）。
另外，我 只指定直接依赖关系 并让环境求解器处理任何隐式依赖关系。这提供了一定程度的自由来满足不同包的不同需求，而通常包的配方应该指定对特定版本的任何限制。
另一种避免（未来）冲突并保持快速创建环境的方法是保持环境尽可能小和精细 (
base任何频道更多的。并且在使用mamba时，可以指定bioconda作为第一个通道。
谈到 mamba：如果速度很重要，我目前 使用 mamba to do the environment solving -- it is usually much faster than conda and is better at ensuring that you get the most up to date version of packages. In snakemake, you can use it via --conda-frontend mamba as also pointed out in
但是，当然一切总是取决于。如果您知道包的配方未处理的版本不兼容，则可能需要指定和固定隐式依赖项。如果您的软件创建的输出可以随补丁版本而变化，那么您当然必须固定补丁版本。