将 persp 图的调色板与等高线图 ggplot2 匹配

Question

我想在基本 persp 函数中绘制双变量正态密度的等高线水平。这是代码：

###############
library(pacman)
p_load(tidyverse)
p_load(mvtnorm)
p_load(GA)

my_mean<-c(25,65)
mycors<-seq(-1,1,by=.25)
sd_vec<-c(5,7)

i<-3
temp_cor<-matrix(c(1,mycors[i],
                   mycors[i],1),
                 byrow = T,ncol=2)
V<-sd_vec %*% t(sd_vec) *temp_cor


my_x<-seq(my_mean[1]-3*sd_vec[1], my_mean[1]+3*sd_vec[1], length.out=20)
my_y<-seq(my_mean[2]-3*sd_vec[2], my_mean[2]+3*sd_vec[2], length.out=20)
temp_f<-function(a,b){dmvnorm(cbind(a,b), my_mean,V)}
my_z<-outer(my_x, my_y,temp_f)
nlevels<-20
my_zlim <- range(my_z, finite = TRUE)
my_levels <- pretty(my_zlim, nlevels)
zz <- (my_z[-1, -1] + my_z[-1, -ncol(my_z)] + my_z[-nrow(my_z), -1] + my_z[-nrow(my_z), 
                                                                           -ncol(my_z)])/4
cols <- jet.colors(length(my_levels) - 1)
zzz <- cut(zz, breaks = my_levels, labels = cols)


persp(my_x, my_y, my_z, theta = -25, phi = 45, expand = 0.5,xlab="x",ylab="y",zlab="f(x,y)",col = as.character(zzz))


data.grid <- expand.grid(x = seq(my_mean[1]-3*sd_vec[1], my_mean[1]+3*sd_vec[1], length.out=200),
                         y = seq(my_mean[2]-3*sd_vec[2], my_mean[2]+3*sd_vec[2], length.out=200))
q.samp <- cbind(data.grid, prob = dmvnorm(data.grid, mean = my_mean, sigma = V))


ggplot(q.samp, aes(x=x, y=y, z=prob)) + 
  geom_contour( aes(z=prob, color=..level..)) + 
  #scale_color_gradient(level = jet.colors(length(my_levels) - 1))+
  theme_bw()

^{由 reprex package (v0.3.0)}

于 2020-10-31 创建

由于 persp graph 的调色板似乎是离散的，因此我想为轮廓赋予颜色，使其与 persp graph 中的颜色大致相似。

Answer 1

您是否根据 cols 的内插值寻找具有 scale_fill_discrete 的 geom_contour_fill？

ggplot(q.samp, aes(x, y, z = prob)) + 
  geom_contour_filled( aes(fill = ..level..), col = "black", bins = 11) + 
  scale_fill_discrete(type = jet.colors(11)) +
  theme_bw()

或者如果您正在寻找彩色线条而不是填充，您可以使用 scale_gradientn

ggplot(q.samp, aes(x, y, z = prob)) + 
  geom_contour(aes(color = ..level..), bins = 11, size = 1) + 
  scale_color_gradientn(colours = jet.colors(11)) +
  theme_bw()

将 persp 图的调色板与等高线图 ggplot2 匹配

Match palette of persp graph to contour graph ggplot2

r

contour

ggplot2