Bin/categorise R 中的 p 值

Question

我如何在 R 中创建一个函数来按如下方式转换我的 p 值？

 If p>0.05 -> ns
 If p<0.05 -> 1
 If p<10-2 -> 2
 If p<10-3 -> 3
 If p<10-4 -> 4
 etc...

Answer 1

我们可以使用case_when做一个自定义类别

library(dplyr)
f1 <- function(pval) {
       case_when(pval > 0.5 ~ 'ns',
                 pval < 1e-4 ~ '4',
                 pval < 1e-3 ~ '3',
                 pval < 1e-2 ~ '2',
                 pval < 0.05 ~ '1'
                
                
                 )
      }


f1(c(0.04, 1.2,  0.00005))
#[1] "1"  "ns" "4"

Answer 2

如果您只想降低到 10e-4，@akrun 的回答很好。一个更通用的解决方案，可以像下面这样：

# from here: 
roundUp <- function(x) 10^ceiling(log10(x))

categorize_p = function(ps) {
  logged = -log10(roundUp(ps))
  logged[ps > .05] = "ns"
  return(logged)
}

categorize_p(c(.1,.049, .001, .01))
#[1] "ns" "1"  "3"  "2"

Bin/categorise R 中的 p 值

Bin/categorise p values in R

r

bin

categories

p-value