从意义矩阵或手工紧凑的字母显示

Question

我是运行 R 中的多重成对比较。我正在使用生存包 survminer。我正在使用以下功能： pairwise_survdiff {survminer}

它按预期给出了具有显着性的成对比较，但似乎没有办法给出结果的紧凑字母显示 (CLD)。我正在看成对的 19 个级别。我最终打印了结果，手工将它们放入 excel，然后手工写字母。但现在我需要再做一次，希望有更简单的方法。

我可以让 R 直接根据 pairwise_survdiff {survminer} 结果进行 CLD 吗？

除此之外

有没有办法让它将结果打印到电子表格可以读取的 table 中？
如果我手工制作逻辑矩阵，我如何让 R 将其转换为 CLD？

并且 4) 如果我全部手动完成，我想知道是否有更紧凑的方法来显示此比较列表。由于冗余，我可以删除这些字母中的任何一个吗？ hand made CLD for comparisons

谢谢

Answer 1

这是来自 survminer

的示例

library(survminer)
library(multcomp)
library(tidyr)
data(myeloma)

res <- pairwise_survdiff(Surv(time, event) ~ molecular_group,
                         data = myeloma)

查看 multcomp 包中 glht.summary 方法的内部结构，我们创建了 lvl_order 向量，它标识 x 级别从最小到小的顺序到最大。

x <- myeloma$molecular_group
levs <- levels(x)
y <- Surv(myeloma$time, myeloma$event)
lvl_order <- levels(x)[order(tapply(as.numeric(y)[1:length(x)], 
                                        x, mean))]

然后我们可以re-arrange将res对象中的p-values转化为矩阵。 mycomps是配对比较的两侧的矩阵。 signif 向量符合逻辑，指示差异是否显着。

comps <- as_tibble(res$p.value, rownames="row") %>% 
  pivot_longer(-row, names_to="col", values_to="p") %>% 
  na.omit()
mycomps <- as.matrix(comps[,1:2])
signif <- comps$p < .05

然后，您可以使用insert_absorb内部函数创建字母：

multcomp:::insert_absorb(signif, 
                         decreasing=FALSE, 
                         comps=mycomps, 
                         lvl_order=lvl_order)
# $Letters
# MAF    Proliferation       Cyclin D-2            MMSET     Hyperdiploid 
# "ab"              "a"              "b"             "ab"              "b" 
# Low bone disease       Cyclin D-1 
# "ab"             "ab" 
# 
# $monospacedLetters
# MAF    Proliferation       Cyclin D-2            MMSET     Hyperdiploid 
# "ab"             "a "             " b"             "ab"             " b" 
# Low bone disease       Cyclin D-1 
# "ab"             "ab" 
# 
# $LetterMatrix
# a     b
# MAF               TRUE  TRUE
# Proliferation     TRUE FALSE
# Cyclin D-2       FALSE  TRUE
# MMSET             TRUE  TRUE
# Hyperdiploid     FALSE  TRUE
# Low bone disease  TRUE  TRUE
# Cyclin D-1        TRUE  TRUE
# 
# $aLetters
# [1] "a" "b" "c" "d" "e" "f" "g" "h" "i" "j" "k" "l" "m" "n" "o" "p" "q" "r" "s" "t" "u" "v"
# [23] "w" "x" "y" "z" "A" "B" "C" "D" "E" "F" "G" "H" "I" "J" "K" "L" "M" "N" "O" "P" "Q" "R"
# [45] "S" "T" "U" "V" "W" "X" "Y" "Z"
# 
# $aseparator
# [1] "."
# 
# attr(,"class")
# [1] "multcompLetters"

从意义矩阵或手工紧凑的字母显示

Compact Letter Display from a matrix of significancies or by hand

r

pairwise

survminer