如何仅使用部分数字变量对 geom_tile ggplot 中的图块进行排序

Question

我正在尝试绘制 pivot_long 形式的数据以使用 geom_tile 呈现为热图。但是我在订购图中的图块时遇到了问题。

样本数据https://drive.google.com/file/d/1WIjbN9-xP-1Wgc2Nx3GlterV8XhtnGyu/view?usp=sharing

这是我生成的图：

问题是我想要 y 轴标签，又名“Drug.dose”，在组合的“none”部分中按数值从高到低排序（因素设置为具有水平none, I30, I300.... I300_V100)

我的绘图代码如下：通过在我的y轴上使用reorder()(How to preserve the order of tiles in geom_tile ggplot)，它按添加的组合中的所有内容从高到低排名，因此你看到我在none 是 TN 0.1，但由于 I30、I300 等中的所有零都位于图的底部。列表中还有其他不一致之处。

如何仅通过添加组合的 none 部分重新排序？

library(ggplot2)

m <- ggplot(data)+
  geom_tile(aes(x=Combination, y=reorder(Drug.dose,Avg.percent), fill=Avg.percent))+
  geom_text(aes(x=Combination, y=reorder(Drug.dose,Avg.percent), label=Avg.percent), size=3)+
  scale_fill_gradientn(colors=pal)+
  theme(legend.text = element_text(size=10, face="bold", color = "black"))+
  theme(axis.text.x = element_text(size = 15,  face="bold", color = "black")) +
  theme(axis.text.y = element_text(size = 9,  face="bold", color = "black")) +
  theme(axis.title.x = element_text(size = 15,  face="bold", color = "black", vjust = 3))+
  theme(axis.title.y = element_text(size = 15,  face="bold", color = "black", hjust = 0.5))+
  theme(plot.title = element_text(size = 16))+
  theme(strip.text.y  = element_text(size = 10, face = "bold", color = "black"))+
  scale_x_discrete(position ="top") +
  xlab("Combination added")+
  ylab("Treatments in the screen")+
  ggtitle("Cluster 1 Enriched in TN response")


print(m)

Answer 1

是这样的吗？只需创建一个静态变量来管理你的颜色渐变。

library(tidyverse)
levels <- c("none","I30","I300","I30_V10","I300_V100","V10","V100" )

# Data directory %>%
  read_csv %>% 
  pivot_wider(names_from = Combination,
              values_from = Avg.percent) %>% 
  mutate(color = none) %>% 
  pivot_longer(cols = c("none", starts_with(c(c("I","V"), ignore.case = F))),
               names_to = "Combination",
               values_to = "Avg.percent") %>% 
  mutate(Combination = factor(Combination,
                              levels = levels))-> data

m <- ggplot(data)+
  geom_tile(aes(x=Combination, y=reorder(Drug.dose, color), fill=Avg.percent)) +
  geom_text(aes(x=Combination, y=reorder(Drug.dose, color), label=Avg.percent), size=3)+
  # scale_fill_gradientn(colors=pal)+
  ggsci::scale_fill_material("red") +
  theme(legend.text = element_text(size=10, face="bold", color = "black"))+
  theme(axis.text.x = element_text(size = 15,  face="bold", color = "black")) +
  theme(axis.text.y = element_text(size = 9,  face="bold", color = "black")) +
  theme(axis.title.x = element_text(size = 15,  face="bold", color = "black", vjust = 3))+
  theme(axis.title.y = element_text(size = 15,  face="bold", color = "black", hjust = 0.5))+
  theme(plot.title = element_text(size = 16))+
  theme(strip.text.y  = element_text(size = 10, face = "bold", color = "black"))+
  scale_x_discrete(position ="top") +
  xlab("Combination added")+
  ylab("Treatments in the screen")+
  ggtitle("Cluster 1 Enriched in TN response")

print(m)

Answer 2

我认为最好的方法是在将数据放入 ggplot 之前对其进行排序。可能有使用 tidyr 或其他方法的解决方案，但我对此了解不多。

得到Combination=="none"时的配对值，按Avg.percent排序：

index = data[data$Combination=="none", c("Drug.dose", "Avg.percent")]
index = index[order(index$Avg.percent),]

创建一个变量 order，为 Drug.dose 中的每个级别提供 index 的值：

for(i in unique(data$Drug.dose)){
  data$order[data$Drug.dose==i] = index[index$Drug.dose==i,2]}

然后用order代替reorder()中的Avg.percent。输出（按照你的级别顺序“none”应该是第一行）：

如何仅使用部分数字变量对 geom_tile ggplot 中的图块进行排序

How to order of tiles in geom_tile ggplot by using only part of the numeric variables

r

ggplot2

geom-tile