从通道展开路径

Question

我的数据结构为运行批处理的样本。所以我有一个这样的目录层次结构：

/path/to/dir/batch_1/sample_1
/path/to/dir/batch_1/sample_2
/path/to/dir/batch_1/...
/path/to/dir/batch_2/sample_1
/path/to/dir/batch_2/sample_2
/path/to/dir/batch_2/...
/path/to/dir/...

我想对给定批次子集的每个样本应用一个过程。一种可行的方法是生成一个列出示例的频道：

path_to_samples= Channel .fromPath(['/path/to/dir/batch_2/sample_*', '/path/to/dir/batch_322/sample_*'], type: 'dir' ) process my_process{ input: path(sample) from path_to_samples """ do stuff """ }

现在，我想分别提供批次名称，让脚本找到相应的样本。类似的东西：

params.root_dir = '/path/to/dir/' params.batch_names = Channel.from('batch_2', 'batch_322') // make samples channel: incorrect path_to_samples = params.batch_names .map { params.root_dir + it + 'sample_*' } .toPath() process my_process{ input: path(sample) from path_to_samples """ do stuff """ }

所以，我对渠道的看法是错误的？有没有办法通过渠道操作，将样本列表“扁平化”？或者是制作更复杂的 Groovy 闭包的正确方法，该闭包将列出每个批处理目录中的文件并将其 return 作为元组或列表？

Answer 1

不确定您希望如何提供输入批次名称，但您可以使用简单的闭包创建 glob 模式列表，然后使用它们创建输入通道：

params.root_dir = '/path/to/dir'
params.batch_names = /path/to/batch_names.txt'

batch_names = file(params.batch_names)
sample_dirs = batch_names.readLines().collect { "${params.root_dir}/${it}/sample_*" }

samples = Channel.fromPath( sample_dirs, type: 'dir' )

process my_process{

    input:
    path(sample) from samples

    """
    ls -l "${sample}"
    """
}

不过，我倾向于将输入 glob 模式保留为参数。这种方法提供了最大的灵活性，但可能不适合您的用例：

params.samples = '/path/to/dir/batch_{2,322}/sample_*'

samples = Channel.fromPath( params.samples, type: 'dir' )

从通道展开路径

Expand paths from a channel

nextflow