使用 pandas.merge_asof 进行全外连接

Question

您好，我需要将一些时间序列数据与最近的时间戳对齐，所以我认为 pandas.merge_asof 可能是一个不错的选择。但是，它没有像标准 merge 方法那样设置 how='outer' 的选项。

一个例子可以是：

df1:

                                   Value1
Time
2020-07-17 14:25:03.535906075      108
2020-07-17 14:25:05.457247019      110
2020-07-17 14:25:07.467777014      126

df2:

                                  Value2
Time
2020-07-17 14:25:03.535018921     222
2020-07-17 14:25:04.545104980     150
2020-07-17 14:25:07.476825953      60

然后，例如，这样做 merge_asof:

pd.merge_asof(df1, df2, left_index=True, right_index=True, direction='nearest', tolerance=pd.Timedelta('0.3s'))

结果将是：

                               Value1  Value2
Time
2020-07-17 14:25:03.535906075     108   222.0
2020-07-17 14:25:05.457247019     110     NaN
2020-07-17 14:25:07.467777014     126    60.0

但我想要的是：

                               Value1  Value2
Time
2020-07-17 14:25:03.535906075     108   222.0
2020-07-17 14:25:04.545104980     NaN   150.0   <---- this is the difference
2020-07-17 14:25:05.457247019     110     NaN
2020-07-17 14:25:07.467777014     126    60.0

基本上就像一个完整的外部连接。

有什么建议吗？提前致谢。

编辑：

所以这是2个数据帧的情况。例如，如果有 10 个数据帧（即 df1, df2, ..., df10）需要进行这种“最近”合并，那么什么是好的方法呢？

Answer 1

不幸的是，pd.merge_asof 中没有 how 参数，就像 pd.merge 一样，否则您可以简单地传递 how='outer'.
作为解决方法，您可以 append 手动从其他数据帧中获取不匹配的值
然后，用.sort_index()

df3 = pd.merge_asof(df1, df2, left_index=True, right_index=True, direction='nearest', tolerance=pd.Timedelta('0.3s'))
df4 = pd.merge_asof(df2, df1, left_index=True, right_index=True, direction='nearest', tolerance=pd.Timedelta('0.3s'))
df5 = df3.append(df4[df4['Value1'].isnull()]).sort_index()
df5
Out[1]: 
                               Value1  Value2
Time                                         
2020-07-17 14:25:03.535906075   108.0   222.0
2020-07-17 14:25:04.545104980     NaN   150.0
2020-07-17 14:25:05.457247019   110.0     NaN
2020-07-17 14:25:07.467777014   126.0    60.0

Answer 2

这看起来很简单，但没有直接的解决方案。有一个选项可以再次合并以引入缺失的行：

# enumerate the rows of `df2` to later identify which are missing
df2 = df2.reset_index().assign(idx=np.arange(df2.shape[0]))
(pd.merge_asof(df1.reset_index(), 
               df2[['Time','idx']], 
              on='Time',
              direction='nearest', 
              tolerance=pd.Timedelta('0.3s'))
  .merge(df2, on='idx', how='outer')                        # merge back on row number
  .assign(Time=lambda x: x['Time_x'].fillna(x['Time_y']))   # fill the time
  .set_index(['Time'])                                      # set index back
  .drop(['Time_x','Time_y','idx'], axis=1)
  .sort_index()
)

                               Value1  Value2
Time                                         
2020-07-17 14:25:03.535906075   108.0   222.0
2020-07-17 14:25:04.545104980     NaN   150.0
2020-07-17 14:25:05.457247019   110.0     NaN
2020-07-17 14:25:07.467777014   126.0    60.0

使用 pandas.merge_asof 进行全外连接

Do full-outer-join with pandas.merge_asof

python

merge

outer-join

dataframe

pandas