使用 ggplot2 绘制 mantel.rtest

Question

我正在使用 ade4 中的函数 mantel.rtest 对两个欧氏距离矩阵执行 mantel 测试，以获得它们之间的相关性。由于我想显示不同测试的结果图，我想知道是否可以使用 ggplot2 而不是基本函数 plot.

来绘制壁炉架结果

首先，我尝试将 r1 转换为 data.frame，但出现此错误：

r2 <- as.data.frame(r1)
Error in as.data.frame.default(r1) : 
  cannot coerce class ‘c("mantelrtest", "randtest", "lightrandtest")’ to a data.fr

我正在添加一个可重现的示例：

data(yanomama)
    gen <- quasieuclid(as.dist(yanomama$gen))
    geo <- quasieuclid(as.dist(yanomama$geo))
    plot(r1 <- mantel.rtest(geo,gen), main = "Mantel's test")
    r1

非常感谢！

Answer 1

以下函数将为您的 mantelrtest 对象绘制一个 ggplot：

ggplot_mantel <- function(mant, fill = "gray50") {
  df <- data.frame(x = mant$plot$hist$mids,
                   y = mant$plot$hist$counts)
  ggplot(df, aes(x, y)) + 
    geom_col(orientation = "x", 
             width = diff(mant$plot$hist$breaks)[1],
             fill = fill, color = "gray30") +
    labs(x = mant$plot$hist$xname, y = "Frequency") +
    scale_x_continuous(limits = mant$plot$xlim) +
    geom_segment(aes(x = mant$obs, xend = mant$obs, y = 0,
                     yend = 0.75 * max(y))) +
    geom_point(aes(x = mant$obs, y = 0.75 * max(y)), size = 5,
               shape = 18)
}

因此，使用您自己的示例：

plot(r1)

ggplot_mantel(r1)

使用 ggplot2 绘制 mantel.rtest

plot mantel.rtest with ggplot2

r

ggplot2

correlation