Vpython访问从pdb蛋白文件加载的对象
Vpython accessing object loaded from pdb protein file
使用此 .cif 文件:
https://files.rcsb.org/download/1MSC.cif and parsing in with https://pypi.org/project/pdbx-mmcif/
使用此代码 (main.py) 在 python3 中使用 Vpython 7.6.1:
#!/usr/bin/env python3
# -*- coding: utf-8 -*-
"""
Created on Thu Nov 11 17:40:03 2020
@author: Pietro
"""
import sys
from pdbx.reader.PdbxReader import PdbxReader
import time
from vpython import *
scene = canvas(title='Examples of Tetrahedrons',
width=800, height=800,
center=vector(0,0,0), background=color.black)
openz = open('./1msc.cif')
pRd = PdbxReader(openz)
data = []
pRd.read(data)
block = data[0]
atomsite = block.getObj("atom_site")
i=0
while True:
atom = atomsite.getValue("group_PDB",i)
atomid = atomsite.getValue('label_atom_id',i)
if atom =='ATOM':
if atomid == 'CA':
aa = sphere(pos=vector(float(atomsite.getValue('Cartn_x',i)),float(atomsite.getValue('Cartn_y',i)),
float(atomsite.getValue('Cartn_z',i))),radius=0.5)
i +=1
else:
break
print('fine')
我可以将 space 中的 CA 原子显示为球体。我缺少的是如何访问由 vpython 创建的单球体(我理解的对象),以便能够应用类似
的东西
sphere-object-number-1.color = color.red
sphere-object-number-1.color = color.blue
显然不在我为显示所有球体而创建的同一个循环中?
请客气,我不是 Python 专家。
标准方法是创建一个列表 atoms = [],然后在创建球体时将其添加到列表中,如 atoms.append(sphere(.....))。然后你用 atoms[n] 访问第 n 个球体,其中 n 从 0 到 atoms.length-1.
使用此 .cif 文件:
https://files.rcsb.org/download/1MSC.cif and parsing in with https://pypi.org/project/pdbx-mmcif/
使用此代码 (main.py) 在 python3 中使用 Vpython 7.6.1:
#!/usr/bin/env python3
# -*- coding: utf-8 -*-
"""
Created on Thu Nov 11 17:40:03 2020
@author: Pietro
"""
import sys
from pdbx.reader.PdbxReader import PdbxReader
import time
from vpython import *
scene = canvas(title='Examples of Tetrahedrons',
width=800, height=800,
center=vector(0,0,0), background=color.black)
openz = open('./1msc.cif')
pRd = PdbxReader(openz)
data = []
pRd.read(data)
block = data[0]
atomsite = block.getObj("atom_site")
i=0
while True:
atom = atomsite.getValue("group_PDB",i)
atomid = atomsite.getValue('label_atom_id',i)
if atom =='ATOM':
if atomid == 'CA':
aa = sphere(pos=vector(float(atomsite.getValue('Cartn_x',i)),float(atomsite.getValue('Cartn_y',i)),
float(atomsite.getValue('Cartn_z',i))),radius=0.5)
i +=1
else:
break
print('fine')
我可以将 space 中的 CA 原子显示为球体。我缺少的是如何访问由 vpython 创建的单球体(我理解的对象),以便能够应用类似
的东西sphere-object-number-1.color = color.red
sphere-object-number-1.color = color.blue
显然不在我为显示所有球体而创建的同一个循环中? 请客气,我不是 Python 专家。
标准方法是创建一个列表 atoms = [],然后在创建球体时将其添加到列表中,如 atoms.append(sphere(.....))。然后你用 atoms[n] 访问第 n 个球体,其中 n 从 0 到 atoms.length-1.