使用 awk 重新格式化文本文件并切割为一个衬里

Question

数据：

CHR SNP BP A1 TEST NMISS BETA SE L95 U95 STAT P 
1   chr1:1243:A:T 1243 T ADD 16283 -6.124 0.543 -1.431 0.3534 -1.123 0.14

期望的输出：

MarkerName P-Value 
  chr1:1243  0.14

实际文件是1.2G的行如上

我需要将文本的第 2 列去掉第 2 个冒号，然后将其粘贴到最后的第 12 列并给它一个新的 header。

我试过：

awk '{print , }' | cut -d: -f1-2

但这会删除冒号后的整行，我想保留“p”列

我将其输出到一个新文件，然后使用 awk 将其粘贴到 P-value 列，但想知道是否有 one-liner 方法来执行此操作？

非常感谢

Answer 1

编辑： 在这里添加一个解决方案，因为 OP 提到我的第一个解决方案不知何故不适用于 OP，但它工作正常对我来说，作为替代方案在这里添加这个。

awk '
BEGIN{
  print "MarkerName P-Value"
}
FNR>1{
  match(,/([^:]*:){2}/)
  print OFS substr(,RSTART,RLENGTH-1),$NF
}
' Input_file

显示示例，请您尝试以下操作。 cut不需要和awk一起使用，awk可以搞定一切。

awk -F' +|:' '
BEGIN{
  print "MarkerName P-Value"
}
FNR>1{
  print OFS ":",$NF
}
' Input_file

说明： 为以上添加详细说明。

awk -F' +|:' '                 ##Starting awk program from here and setting field separator as spaces or colon for all lines.
BEGIN{                         ##Starting BEGIN section of this program from here.
  print "MarkerName P-Value"   ##Printing headers here.
}
FNR>1{                         ##Checking condition if line number is greater than 1 then do following.
  print OFS ":",$NF        ##Printing space(OFS) 2nd field colon 3rd field and last field as per OP request.
}
' Input_file                   ##Mentioning Input_file name here.

Answer 2

我的评论更容易理解：

$ awk '
BEGIN {
    print "MarkerName P-Value"          # output header
}
NR>1 {                                  # skip the funky first record
    split(,a,/:/)                     # split by :
    printf "%s:%s %s\n",a[1],a[2],   # printf allows easier output formating
}' file

输出：

MarkerName P-Value
chr1:1243 0.14

Answer 3

Sed 替代方案：

sed -En '1{s/^.*$/MarkerName\tP-Value/p};s/([[:digit:]]+[[:space:]]+)([[:alnum:]]+:[[:digit:]]+)(.*)([[:digit:]]+\.[[:digit:]]+$)/\t/p'

对于第一行，用整行替换 headers。然后，根据正则表达式将该行分成 4 部分，然后打印第 2 小节，然后是制表符，然后是第 4 小节。

Answer 4

$ awk -F'[: ]+' '{print (NR==1 ? "MarkerName P-Value" : ":"" "$NF)}' file
MarkerName P-Value
chr1:1243 0.14

使用 awk 重新格式化文本文件并切割为一个衬里

Reformatting text file using awk and cut as a one liner

bash

awk

text

cut