RStudio 显示不同的 $PATH 变量

Question

可能duplicate的问题，但我不知道RStudio的启动过程是否相同。我在 Linux 上使用 RStudio Desktop v0.99.442。在 RStudio 的控制台中，我运行

system("echo $PATH")
/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games

但是，我的真实 $PATH（当我从控制台 echo $PATH 时看到的）上面有很多其他程序，我希望能够使用 system( ) 来自 R。例如，在我的 .bashrc 中，我将 tabix 附加到 $PATH.

奇怪的是，当我运行从控制台中的 R 会话执行相同的命令时，我得到

system("echo $PATH")
/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games;/path/to/bcftools-1.2/htslib-1.2.1/tabix

这是正确的。所以 RStudio 中的 R 会话和控制台中的 R 会话是有区别的。它们不加载相同的环境变量。如何让 RStudio 使用正确版本的 $PATH？

Answer 1

当您从命令行启动 R 然后运行 system(echo $PATH) 时，您将从命令行会话中继承 Bash 环境。当您从 Mac 上的 Dock 或 Finder 或 Ubuntu 中的系统应用程序启动 RStudio 而不是从命令行启动 RStudio 时，RStudio 不会从您的 /.bashrc.相反，它将从系统范围的设置中获取环境变量。它如何找到这些系统设置将取决于操作系统。

Ubuntu

参见this explanation of environment variables in Ubuntu, especially the section on desktop applications。

根据那个解释：

You can add an environment variable to an application by editing its .desktop file. For example, to run "digiKam" with the environment variable APPMENU_DISPLAY_BOTH=1, find the corresponding digikam.desktop file and add the setting of the variable, via the env command, to the entry "Exec":

RStudio .desktop 文件将在 ~/.local/share/applications/ 或 /usr/share/applications/ 中（很可能是后者）。编辑该文件以包含此行：

PATH=/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games;/path/to/bcftools-1.2/htslib-1.2.1/tabix

Mac

系统范围的环境变量由 Launch Agent 设置，而不是由 Bash 设置。为从 Finder 启动的应用程序设置环境变量的确切方式将取决于您的 Mac OS X 版本。这 answer might help.

我这样做的方法是添加一个文件，~/Library/LaunchAgents/com.username.envvariables.plist 包含以下内容：

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<!DOCTYPE plist PUBLIC "-//Apple//DTD PLIST 1.0//EN" "http://www.apple.com/DTDs/PropertyList-1.0.dtd">
<plist version="1.0">
  <dict>
    <key>Label</key>
    <string>com.username.envvariables</string>
    <key>ProgramArguments</key>
    <array>
      <string>sh</string>
      <string>-c</string>
      <string>
        launchctl setenv PATH /usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games;/path/to/bcftools-1.2/htslib-1.2.1/tabix
      </string>
    </array>
    <key>RunAtLoad</key>
    <true/>
  </dict>
</plist>

然后您必须加载该文件：

launchctl load ~/Library/LaunchAgents/com.username.envvariables.plist

您可能需要重新启动 Finder：

killall -KILL Dock

然后重启RStudio。

Answer 2

我通过将 PATH 添加到 ~/.Renviron 解决了这个问题（在 MAC）您可以运行这个：

$ touch ~/.Renviron | R_PATH="PATH=$PATH" | echo $R_PATH >  ~/.Renviron

并重启 Rstudio。现在你应该在两种情况下都有相同的 $PATH。

Answer 3

我遇到了同样的问题。我没有使用 Lincoln 的回答，而是通过

在 RStudio 控制台中手动设置了正确的环境

Sys.setenv(PATH="/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games;/path/to/bcftools-1.2/htslib-1.2.1/tabix")

在这种情况下。

R 正在使用的路径也可以通过

在控制台中检查

Sys.getenv()

RStudio 显示不同的 $PATH 变量

RStudio shows a different $PATH variable

path-variables

r

rstudio

Ubuntu

Mac