如何使用 GNU 并行从目录提供文件输入并在不同的目录中生成输出？
How to give file input from a dir and produce the output in a different dir using GNU parallel?
我正在尝试使用 parallel 让 bam 使用 samtools 进行排序和索引，并在给定的 output_dir 中生成输出，但遇到了一些问题。
到目前为止，我尝试了以下方法，它正在运行，但我不希望 output_dir 中的目录名称“1”，也不想在 input_dir.
中获取结果文件
parallel --results output_dir 'samtools sort -o {.}.sorted.bam {}' ::: input_dir/*.bam
根据评论，这不起作用：
parallel 'samtools sort -o output_dir/{.}.sorted.bam {}' ::: input_dir/*.bam
我收到错误
“[E::hts_open_format] Failed to open file output_dir/input_dir/A-8_20181222_0036.sorted.bam”
注意：这只是一个工具 (samtools) 我在问，但我将使用其他工具，这些工具使用 --output / -o 标志生成输出。
如果您的问题是“我怎样才能添加一个不同的目录而不是输入目录”，只需将其逐字放在 {/.} 标记之前。 （您有 {.} 但我们还想要 trim 目录名称。）
parallel 'samtools sort -o output_dir/{/.}.sorted.bam {}' ::: input_dir/*.bam
有关更多想法，请参阅 the manual，您可以对输入标记执行大量转换。
我正在尝试使用 parallel 让 bam 使用 samtools 进行排序和索引，并在给定的 output_dir 中生成输出，但遇到了一些问题。
到目前为止，我尝试了以下方法，它正在运行，但我不希望 output_dir 中的目录名称“1”，也不想在 input_dir.
parallel --results output_dir 'samtools sort -o {.}.sorted.bam {}' ::: input_dir/*.bam
根据评论，这不起作用：
parallel 'samtools sort -o output_dir/{.}.sorted.bam {}' ::: input_dir/*.bam
我收到错误
“[E::hts_open_format] Failed to open file output_dir/input_dir/A-8_20181222_0036.sorted.bam”
注意：这只是一个工具 (samtools) 我在问，但我将使用其他工具，这些工具使用 --output / -o 标志生成输出。
如果您的问题是“我怎样才能添加一个不同的目录而不是输入目录”，只需将其逐字放在 {/.} 标记之前。 （您有 {.} 但我们还想要 trim 目录名称。）
parallel 'samtools sort -o output_dir/{/.}.sorted.bam {}' ::: input_dir/*.bam
有关更多想法，请参阅 the manual，您可以对输入标记执行大量转换。