使用 python 的两个 fasta 文件的交集

Question

我有两个大的 fasta 文件——它们的结构不同（如下所示），但两个文件中读取的 headers（以 @ 开头）相同：

文件 1

>MN00153:75:000H37WNG:1:12106:12990:1333
AAAACCCC

>MN00153:75:000H37WNG:1:12106:21652:2374
AAAAGGGG

>MN00153:75:000H37WNG:1:12106:21652:2366
AGGGGGTT

文件 2

>MN00153:75:000H37WNG:1:12106:12990:1333
CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCAGATCTCGCCC

>MN00153:75:000H37WNG:1:12106:21652:2374
AGATCTCGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT

>MN00153:75:000H37WNG:1:12106:21652:2366                  
TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT

我使用脚本从 file1 的 headers（键）和 reads（值）创建了一个字典：

from Bio import SeqIO

dict={}
with open ('index2.fasta', 'r') as file1:
    for record in SeqIO.parse(file1, 'fasta'):
        dict[str(record.id)] = str(record.seq)

我所做的是遍历 file2 中的读取，如果 'AGATCTCG' 字符串在读取中，我将那些读取的 headers 保存在列表中。

现在我遇到的问题是我想根据 dictionary 和 list 制作 file2 的 sub-file。如果我的列表中的项目作为键存在于我的字典中并且如果值为 'AAAACCCC' 那么输出应该是 MN00153:75:000H37WNG:1:12106:12990:1333 但我同时得到 MN00153:75:000H37WNG:1:12106:12990:1333 和 MN00153:75:000H37WNG:1:12106:21652:2374

ATTACTCG_ids=[]
with open ('Read1.fasta', 'r') as file2:
    for record in SeqIO.parse(file2, 'fasta'):
        if 'AGATCTCG' in record.seq:
            ATTACTCG_ids.append(record.id)
            for i in ATTACTCG_ids:
                if dict.get(i) == 'AAAACCCC':
                    final = record.format('fasta')
                    print(final)

有人可以帮我解决这个问题吗？

Answer 1

问题似乎是每次都会迭代累积的 ID 列表。您可以单独检查每条记录。大概是这样的。

with open ('Read1.fasta', 'r') as file2:
    for record in SeqIO.parse(file2, 'fasta'):
        if 'AGATCTCG' in record.seq and dict.get(record.id) == 'AAAACCCC':
            final = record.format('fasta')
            print(final)

使用 python 的两个 fasta 文件的交集

Intersection of two fasta files using python

python

bioinformatics

intersection

biopython

seq