ggplot 箱线图，按组划分均值和置信区间

Question

我想用均值而不是中位数制作箱线图。此外，我希望该线在 5%（下限）和 95%（上限）分位数处停止。这是代码；

ggplot(data, aes(x=Cement, y=Mean_Gap, fill=Material)) +
geom_boxplot(fatten = NULL,aes(fill=Material), position=position_dodge(.9)) +
xlab("Cement") + ylab("Mean cement layer thickness") +
stat_summary(fun=mean, geom="point", aes(group=Material), position=position_dodge(.9),color="black")

我想将 geom 更改为 errorbar，但这不起作用。我试过 middle = mean(Mean_Gap)，但这也不起作用。我尝试了 ymin = quantile(y,0.05)，但没有任何改变。谁能帮帮我？

使用 ggplot 的标准箱线图。填充是 Material：

Answer 1

下面介绍了如何使用箱形和晶须的自定义参数创建箱线图。这是@lukeA 在whosebug.com/a/34529614/6288065 中展示的解决方案，但这个也会向您展示如何按组制作多个盒子。

名为“ToothGrowth”的 R 内置数据集与您的数据结构相似，因此我将以它为例。我们将绘制每个维生素 C 补充组 (supp)、separated/filled 按剂量水平 (dose) 的牙齿生长长度 (len)。

# "ToothGrowth" at a glance
head(ToothGrowth)
#   len supp dose
#1  4.2   VC  0.5
#2 11.5   VC  0.5
#3  7.3   VC  0.5
#4  5.8   VC  0.5
#5  6.4   VC  0.5
#6 10.0   VC  0.5


library(dplyr)

# recreate the data structure with specific "len" coordinates to plot for each group
df <- ToothGrowth %>% 
    group_by(supp, dose) %>% 
    summarise(
        y0 = quantile(len, 0.05), 
        y25 = quantile(len, 0.25), 
        y50 = mean(len), 
        y75 = quantile(len, 0.75), 
        y100 = quantile(len, 0.95))

df
## A tibble: 6 x 7
## Groups:   supp [2]
#  supp   dose    y0   y25   y50   y75  y100
#  <fct> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl>
#1 OJ      0.5  8.74  9.7  13.2   16.2  19.7
#2 OJ      1   16.8  20.3  22.7   25.6  26.9
#3 OJ      2   22.7  24.6  26.1   27.1  30.2
#4 VC      0.5  4.65  5.95  7.98  10.9  11.4
#5 VC      1   14.0  15.3  16.8   17.3  20.8
#6 VC      2   19.8  23.4  26.1   28.8  33.3

# boxplot using the mean for the middle and 95% quantiles for the whiskers
ggplot(df, aes(supp, fill = as.factor(dose))) +
    geom_boxplot(
        aes(ymin = y0, lower = y25, middle = y50, upper = y75, ymax = y100),
        stat = "identity"
    ) + 
    labs(y = "len", title = "Boxplot with Mean Middle Line") + 
    theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5))

在上图中，左边的箱线图是标准箱线图，有规则的中线和规则的min/max 胡须。
右侧的箱线图使用平均中间线和 5%/95% 分位数晶须。

ggplot 箱线图，按组划分均值和置信区间

ggplot boxplot with mean and confidence interval by group

r

ggplot2

boxplot

fill