访问配置文件中的复杂密钥

Question

我试图在管道执行期间访问 nextflow.config 文件中的变量。我想在 run.nf 中提供 image_standard 作为字符串，我想接收 eu.gcr.io/proj_name/image1:latest 作为输出。我想出了一种在 nextflow 脚本中获取 .config 文件内容的方法，但我不知道如何访问这个特定的属性.

这是我的 nextflow.config 文件：

process {
    withLabel: image_standard {
        container = "eu.gcr.io/proj_name/image1:latest"
    }
    withLabel: image_deluxe {
        container = "eu.gcr.io/proj_name/image2:latest"
    }
}

run.nf

  x =  workflow.configFiles[0]
  Properties properties = new Properties()
  File propertiesFile = new File("${x}")
        propertiesFile.withInputStream {
        properties.load(it)
    }
    log.info "${properties.process}"

它只打印行：

{

Answer 1

您可以尝试改用配置文件并使用 ProcessConfig class 和 applyConfigSelector() 方法选择您想要的进程：

import nextflow.config.ConfigParser
import nextflow.script.ProcessConfig

def config_file = file("${baseDir}/nextflow.config")
def config = new ConfigParser().setIgnoreIncludes(true).parse(config_file.text)

def process = new ProcessConfig([:])
process.applyConfigSelector(config.process, 'withLabel:', 'image_standard')

println(process.container)

访问配置文件中的复杂密钥

Accessing a complex key in a config file

groovy

nextflow