如何从 irr 输出为 r-markdown 生成摘要 table (flextable)？

Question

我使用 irr 包进行了运行 3 种不同的 Kappa2 分析。

library(irr)

data("diagnoses", package = "irr")

# Analysis 1
kappa2(diagnoses[, c("rater1", "rater2")], weight = "unweighted")

# Analysis 2
kappa2(diagnoses[, c("rater1", "rater3")], weight = "unweighted")

# Analysis 3
kappa2(diagnoses[, c("rater3", "rater2")], weight = "unweighted")

有没有一种好的方法可以生成输出摘要作为 r markdown 的演示文稿 table（如果可能，则为 flextable）？我正在寻找 table 具有：分析 1、分析 2 和分析 3 作为行。主题、评分者、Kappa、z 和 p 值作为列。

Answer 1

这样的事情对你的情况有用吗？

我们将所有分析收集到一个列表中，并使用 lapply 从中提取相关值。

library(irr)

analysis1 <- kappa2(diagnoses[, c("rater1", "rater2")], weight = "unweighted")
analysis2 <- kappa2(diagnoses[, c("rater1", "rater3")], weight = "unweighted")
analysis3 <- kappa2(diagnoses[, c("rater3", "rater2")], weight = "unweighted")
list_model <- dplyr::lst(analysis1, analysis2, analysis3)

purrr::map_df(list_model, function(x) {
            data.frame(Subjects = x$subjects, 
                       Raters = x$raters, 
                       kappa = x$value, 
                       p_value = x$p.value)
}) -> result

flextable::flextable(cbind(model = names(list_model), result))

如何从 irr 输出为 r-markdown 生成摘要 table (flextable)？

How to generate a summary table (flextable) for r-markdown from irr output?

r

flextable

r-markdown

irr