在 DESeq2 PCA 上为不同 geom_point 形状添加黑色轮廓

Question

我正在运行使用 DESeq2 包进行主成分分析，并希望在已经基于 observation.The 圆形工作的形状上获得黑色轮廓，但其他形状可以没有。

例子如或 Place a border around points 将数据绘制为一个唯一的形状。

很难给出一个可重现的例子，因为它之前已经在一个大数据集上执行了 PCA，但这就是我所拥有的运行以下内容：

ggplot(pcaData, aes(x = PC1, y = PC2, color = dFe, shape = location))+   
geom_point(size=5)+  
geom_point(aes(PC1, PC2, color = dFe, shape = location), shape= 21, colour="black", size= 5)

我认为关键在于 geom_point

的新层的编码

运行 scale_fill_manual I get the following

ggplot(pcaData, aes(x = PC1, y = PC2, color = dFe, shape = location))+   
geom_point(size=5)+  scale_shape_manual(values=c(21,22,23))

Answer 1

试试这个：

ggplot(pcaData, aes(x = PC1, y = PC2, shape = location))+   
  geom_point(size=7) + 
  geom_point(aes(x = PC1, y = PC2, color = dFe, shape = location), size=5)

Answer 2

如我的评论所述，使用 scale_shape_manual，并提供 fill 美学：

ggplot(pcaData, aes(x = PC1, y = PC2, fill = dFe, shape = location)) +
    geom_point(color = 'black', size = 5) +
    scale_shape_manual(values = c(21L, 22L, 23L))

在 DESeq2 PCA 上为不同 geom_point 形状添加黑色轮廓

Add black outline for different geom_point shapes on DESeq2 PCA

r

ggplot2

pca

rna-seq