如何安装snakemake 4.3.X？
How to install snakemake 4.3.X?
我需要安装 snakemake 4.3.X (better 4.3.1)，python 3.5 和 python 3.6 支持。
我已经下载了：
Anaconda3-5.2.0-Linux-x86_64.sh,
Anaconda3-5.3.1-Linux-x86_64.sh,
Anaconda3-2018.12-Linux-x86_64.sh
来自
https://repo.anaconda.com/archive/
并使用命令单独安装了 snakemake:
./conda install -c bioconda snakemake
每个安装的snakemake都是version 3.13.1.
哪个 Anaconda 适合安装 snakemake 4.3.X (better 4.3.1) ？
或者有其他更好的安装方法snakemake 4.3.X？
非常感谢。
仅供参考，有许多较新的版本，我们目前是 5.30.1。无论如何，你应该使用：
conda install -c bioconda snakemake=4.3.1
不过最好还是弄个新环境吧
看看 conda: manage environments for more info about how to install different environments. Possibly you also have to add conda-forge 作为频道：
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge
由于与 anaconda 安装附带的预安装模块存在版本冲突，您可能正在获取旧版本的 snakemake。您使用的 anaconda 安装程序相当旧（2 年），因此您可能应该尝试使用 newer version.
但这不能保证有效。这不是关于 conda 的版本，而是关于 base 中预装的模块。 anaconda 基础环境中的依赖关系可能很棘手。
最好的解决方案是简单地创建一个具有您需要的规范的环境：
conda create -n smake -c bioconda snakemake=4.3.1
conda activate smake
根据您的用例，您不应安装 Anaconda。相反，请遵循 the recommendation of Bioconda (the repository that hosts the snakemake package), and install Miniconda.
接下来，设置您的频道优先级：
conda config --add channels defaults
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge
更新 base Conda
conda update -n base conda
然后为你需要的Snakemake版本创建一个新的环境：
conda create -n snakemake_4_3_1 snakemake=4.3.1
一般来说，尽量不使用 base 环境（更新 conda 除外），每当您需要某项特定任务或项目时，创建一个新环境。
我需要安装 snakemake 4.3.X (better 4.3.1)，python 3.5 和 python 3.6 支持。
我已经下载了：
Anaconda3-5.2.0-Linux-x86_64.sh,
Anaconda3-5.3.1-Linux-x86_64.sh,
Anaconda3-2018.12-Linux-x86_64.sh
来自 https://repo.anaconda.com/archive/
并使用命令单独安装了 snakemake:
./conda install -c bioconda snakemake
每个安装的snakemake都是version 3.13.1.
哪个 Anaconda 适合安装 snakemake 4.3.X (better 4.3.1) ？
或者有其他更好的安装方法snakemake 4.3.X？
非常感谢。
仅供参考，有许多较新的版本，我们目前是 5.30.1。无论如何，你应该使用：
conda install -c bioconda snakemake=4.3.1
不过最好还是弄个新环境吧
看看 conda: manage environments for more info about how to install different environments. Possibly you also have to add conda-forge 作为频道：
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge
由于与 anaconda 安装附带的预安装模块存在版本冲突，您可能正在获取旧版本的 snakemake。您使用的 anaconda 安装程序相当旧（2 年），因此您可能应该尝试使用 newer version.
但这不能保证有效。这不是关于 conda 的版本，而是关于 base 中预装的模块。 anaconda 基础环境中的依赖关系可能很棘手。
最好的解决方案是简单地创建一个具有您需要的规范的环境：
conda create -n smake -c bioconda snakemake=4.3.1
conda activate smake
根据您的用例，您不应安装 Anaconda。相反，请遵循 the recommendation of Bioconda (the repository that hosts the snakemake package), and install Miniconda.
接下来，设置您的频道优先级：
conda config --add channels defaults
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge
更新 base Conda
conda update -n base conda
然后为你需要的Snakemake版本创建一个新的环境：
conda create -n snakemake_4_3_1 snakemake=4.3.1
一般来说，尽量不使用 base 环境（更新 conda 除外），每当您需要某项特定任务或项目时，创建一个新环境。