如何控制 knitr 中的 R 警告到 rmarkdown

Question

我有一个带有循环的块，可以生成线性模型的图像和结果。有时模型会产生不收敛警告。如果我让 warning=TRUE 作为块条件，图像和结果将变得完全混乱。但我想打印警告，所以我尝试通过 cat(names(last.warning))（感谢 this SO）。然后我在 knitr:

时收到下一个错误

Error in eval(expr, envir, enclos) : object 'last.warning' not found
Calls: <Anonymous> ... handle -> withCallingHandlers -> withVisible -> eval -> eval

Execution halted

我能做什么？

谢谢！

Answer 1

想法是尝试捕获警告并打印其消息。下面的示例在 suppressWarnings 调用中，它应该与在 warning = FALSE 块中具有相同的效果。

这里我想要运行的实际代码只是 as.numeric(c("1", "A"))。我想打印代码生成的任何警告，尽管它在 suppressWarnings 块内，我还想打印代码的结果：

suppressWarnings({

#--- Code chunk ----------------------------------------------------------#  
  
  withCallingHandlers(
        expr    = as.numeric(c("1", "A")), 
        warning = function(w) cat("** warning:", w$message, "**\n\n")
  )

#--- End of code chunk ---------------------------------------------------#

})

#> ** warning: NAs introduced by coercion **
#> 
#> [1]  1 NA

编辑

这里是一个可重现的 Rmd，展示了如何在打印计算结果后选择性地显示任何警告：

---
title: "test"
author: "Allan Cameron"
date: "27 November 2020"
output: html_document
---

```{r setup, include=FALSE, warning=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
 ```

 ## Print warning after output

 ```{r test, warning=FALSE}
   withCallingHandlers(
        expr    = as.numeric(c("1", "A")), 
        warning = function(w) warn <<- paste("** warning:", w$message, "**\n\n")
   )
```

```{r print_warn, echo=FALSE}
  if(exists("warn")) cat(warn)
```

这会产生：

如何控制 knitr 中的 R 警告到 rmarkdown

How to control R warnings in knitr to rmarkdown

warnings

r

knitr

r-markdown