如何将字符串列表写入文本（FASTA）文件？

Question

我目前正在编写一个程序，该程序接收许多不同的氨基酸序列（字符串），用酶切割它们，然后 returns 生成肽（许多较小的字符串）。

我已经编写了程序并且它可以运行，尽管我在将输出写入文本文件时遇到问题。

例如，输入类似于：

'ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ'

输出会是这样的：

多肽 1

'ABCDE'

肽 2

'FGHIJKLMNOP'

多肽 3

'QRSTUVWXYZ'

我如何将其写入文本 (fasta) 文件，因为转换为字符串只是将它们全部聚在一起，而不是将它们与肽段编号和序列分开另起一行？

string_peptides = str(all_peptides)                       
peptide_file = open(r'Cleaved Peptides.fasta', 'w+')
peptide_file.write(string_peptides)
peptide_file.close()

Answer 1

您可以先将名称加入序列，然后输出换行符加入的内容：

all_peptides = ['ABCDE','FGHIJKLMNOP','QRSTUVWXYZ']
peptide_file = open(r'Cleaved Peptides.fasta', 'w+')
out = '\n'.join(['>Peptide' + str(i+1) + "\n" + j for i,j in enumerate(all_peptides)])
peptide_file.write(out)
peptide_file.close()

如何将字符串列表写入文本（FASTA）文件？

How to write a list of strings to a text (FASTA) file?

python

bioinformatics

fasta