运行集群中的奇点 docker

Question

对于一个科学项目，我需要在这里使用奇点项目： https://github.com/Dfam-consortium/TETools

我设法运行它通过运行包装脚本：bash dfam-tetools.sh

然后我得到一个新的环境:

(dfam-tetools /beegfs/data/TOOLS/TETools)$

然后我可以运行我需要的所有软件都在 docker.

但这就是问题所在，我如何在集群中以相同的方式运行（例如slurm或SGE？）

我试图创建一个 bash 文件，例如：

testrun.sh

#!/bin/bash
bash /beegfs/data/TOOLS/TETools/dfam-tetools.sh
RepeatModeler -h
echo "test"

但我只得到输出：

/var/spool/slurmd/job2055108/slurm_script: line 3: RepeatModeler: command not found
test

是否有人已经运行一个 docker 在集群中？

Answer 1

编辑

由于需要访问不在当前目录中的另一个目录，奇点命令应该是运行而不是 dfam-tetools.sh 脚本：

singularity run -B /data:/data docker://dfam/tetools:latest RepeatModeler -h

原采纳答案：

通过查看文档和脚本 dfam-tetools.sh，你应该写：

#!/bin/bash
bash /beegfs/data/TOOLS/TETools/dfam-tetools.sh -- RepeatModeler -h

如果您需要更多命令运行，我建议将它们写入 bash 文件，然后运行此文件为：

#!/bin/bash
bash /beegfs/data/TOOLS/TETools/dfam-tetools.sh -- bash myscript.sh

仔细阅读文档，因为它写得很好。

来自 chippycentra：编辑：感谢 frodon，以下代码对我有用：

奇点y run -B //beegfs/data/user1/://beegfs/data/user1/ docker://dfam/tetools:latest BuildDatabase -name $Sp_name.DB -engine rmblast $ASSEMBLY

其中/beegfs/data/user1/是找到文件的路径

Run singularity docker in cluster