如何在 ggplot2 中调整 geom_tile 的比例？

Question

我正在尝试调整 geom_tile 图的色阶。

我的数据的简短版本（data.frame 格式）是：

mydat <-

Sc  K   n   minC
A   2   1   NA
A   2   2   37.453023
A   2   3   23.768316
A   2   4   17.628376
A   3   1   NA
A   3   2   12.693124
A   3   3   8.884226
A   3   4   7.436250
A   10  1   2.128121
A   10  2   2.116539
A   10  3   2.737923
A   10  4   3.509773
A   20  1   1.104592
A   20  2   1.840195
A   20  3   2.717198
A   20  4   3.616501
B   2   1   NA
B   2   2   25.090085
B   2   3   15.924186
B   2   4   11.811022
B   3   1   NA
B   3   2   8.827183
B   3   3   6.179484
B   3   4   5.175331
B   10  1   2.096934
B   10  2   2.064984
B   10  3   2.662373
B   10  4   3.407246
B   20  1   1.096871
B   20  2   1.802418
B   20  3   2.649153
B   20  4   3.517776

我准备绘制数据的代码如下：

mydat$Sc <- factor(mydat$Sc, levels =c("A", "B"))
mydat$K <- factor(mydat$K, levels =c("2", "3","10","20"))
mydat.m <- melt(pmydat,id.vars=c("Sc","K","n"), measure.vars=c("minC"))

我想用 geom_tile 绘制 minC 的值，K 和 n 作为轴，Sc 的不同方面如下：

mydat.m.p <- ggplot(mydat.m, aes(x=n, y=K)) 
mydat.m.p + 
  geom_tile(data=mydat.m, aes(fill=value)) +
  scale_fill_gradient(low="palegreen", high="lightcoral") +
  facet_wrap(~ Sc, ncol=2)

这为我提供了每个 Sc 因素的图。然而，色阶并不能反映我想要描绘的，因为一些高值使低值都相等。

我想在 4 个休息时间调整到相关音阶，即 1-2、2-3、3-5、>5。

查看其他问题，有人建议使用 cut 函数和比例填充手册，如下所示：

mydat.m$value1 <- cut(mydat.m$value, breaks = c(1:5, Inf), right = FALSE)

然后在geom_tile中使用以下内容：

scale_fill_manual(breaks = c("\[1,2)", "\[2, 3)", "\[3, 5)", "\[5, Inf)"),
values = c("darkgreen", "palegreen", "lightcoral", "red"))

但是，我不确定如何将其应用于 data.frame 以及其他因素和长格式。

Answer 1

你快到了。熔化前只需使用cut：

mydat$minC.cut <- cut(mydat$minC, breaks = c(1:3, 5, Inf), right = FALSE)
mydat.cut <- melt(mydat, id.vars=c("Sc", "K", "n"), measure.vars=c("minC.cut"))

现在，您不需要指定 breaks，因为我们已经处理过了。

ggplot(mydat.cut, aes(x=n, y=K)) + 
  geom_tile(aes(fill=value)) +
  facet_wrap(~ Sc, ncol=2) +
  scale_fill_manual(values = c("darkgreen", "palegreen", "lightcoral", "red"))

如何在 ggplot2 中调整 geom_tile 的比例？

How do I adjust the scale of a geom_tile in ggplot2?

r

scale

heatmap

ggplot2