创建 Snakemake 报告时出现 TypeError (v5.30.1)

Question

我在使用 snakemake (5.30.1) 创建报告时出错。管道运行良好，--report 参数引发错误：

运行连接管道时使用的命令行：

snakemake -s /mnt/beegfs/pipelines/rna-count-salmon/Snakefile --profile /mnt/beegfs/pipelines/rna-count-salmon/.igr/profile/slurm  --cache salmon_index tr2gene

创建报告时使用的命令行：

snakemake -s /mnt/beegfs/pipelines/rna-count-salmon/Snakefile --profile /mnt/beegfs/pipelines/rna-count-salmon/.igr/profile/slurm --report Quantification_Report.html --cache salmon_index tr2gene

我仅在报告时出现的错误:

Traceback (most recent call last):
  File "/mnt/beegfs/userdata/t_dayris/anaconda3/envs/rna-count-salmon/lib/python3.8/site-packages/snakemake/__init__.py", line 687, in snakemake
    success = workflow.execute(
  File "/mnt/beegfs/userdata/t_dayris/anaconda3/envs/rna-count-salmon/lib/python3.8/site-packages/snakemake/workflow.py", line 820, in execute
    auto_report(dag, report, stylesheet=report_stylesheet)
  File "/mnt/beegfs/userdata/t_dayris/anaconda3/envs/rna-count-salmon/lib/python3.8/site-packages/snakemake/report/__init__.py", line 722, in auto_report
    rec.starttime = min(rec.starttime, meta["starttime"])
TypeError: '<' not supported between instances of 'NoneType' and 'int'

如果我运行管道在 snakemake 管道的存储库中，则不会引发错误。我过去使用过这个配置文件（没有任何错误）并且使用 snakemake 版本 5.27.0 和以前的版本创建报告没有任何错误。

如果我删除工作目录中的 .snakemake 存储库，则错误得以解决。如果有人能指出我做错了什么，或者给我建议帮助我调查错误，那就太好了。

提前致谢

Edit：禁用 --cache 选项没有解决问题，参见。德米特里·库兹米诺夫的评论

Edit2：我 100% 肯定，错误来自存储库 .snakemake/metadata。我现在正在尝试找出此文件中的问题。

Answer 1

错误现已已知并已修复：https://github.com/snakemake/snakemake/pull/805

创建 Snakemake 报告时出现 TypeError (v5.30.1)

TypeError when creating Snakemake report (v5.30.1)

python

snakemake