R 硬币包中 chisq_test 的问题

Question

这是我关于 Whosebug 的第一个问题，希望我能为您提供所有必要的信息。

我正在尝试使用 coin 包中的 chisq_test 函数进行基于精确分布的卡方检验。我想比较关于一个变量的两组，但我在警告消息中运行。这是一个最小的可重现示例（至少我希望它是一个）：

library(coin)

dt <- as.data.frame(alzheimer)

xtabs(~ disease + gender, data = dt)

chisq_test(disease ~ gender, data = dt, distribution = "exact")

我正在检查意外事件 table 以确保每个单元格有足够的案例。当我进行测试时，我得到这个输出：

> chisq_test(disease ~ gender, data = dt, distribution = "exact")

    Exact Pearson Chi-Squared Test

data:  disease by gender (Female, Male)
chi-squared = 9.7121, p-value = 0.3895

Warning messages:
1: In T - expectation(object) :
  longer object length is not a multiple of shorter object length
2: In (T - expectation(object))^2/variance(object) :
  longer object length is not a multiple of shorter object length

我使用近似分布计算了 p 值，以确保警告确实是一个问题：

> chisq_test(disease ~ gender, data = dt, distribution = approximate(nresample = 1e+05))

    Approximative Pearson Chi-Squared Test

data:  disease by gender (Female, Male)
chi-squared = 9.7121, p-value = 0.00756

由于两个 p 值相差很大，我想使用精确分布有问题，但我就是想不出问题所在。

也许有人可以帮助我解决问题或了解警告的原因。

Answer 1

我写信给包的作者之一 Torsten Hothorn。他告诉我卡方检验的精确分布只适用于 2x2 问题。因此，警告或您没有收到错误消息的事实是 coin 软件包的当前版本 1.3-1 中的错误。在包的 R-forge 版本中，此错误已得到修复。

R 硬币包中 chisq_test 的问题

Problems with chisq_test in R coin package

r

chi-squared