解析子字符串和 return 值的数据框列

Question

我的数据框有一个名为 'INFO' 的列，其中包含一个由分号分隔的字符串，如下所示。我想将字符串解析为对应于特定子字符串的 return 值并将其分配给新列。

EX。在下面的 table 中，我想将 'CLNDISDB' 的值（等号后）分配给同名的列。

我试过：

df['INFO'].str.split(';',expand=True)

将每个字符串部分分配给一个新列，但这仍然需要我为必要的字符串解析每个列。任何帮助将不胜感激。

我只能使用 python 标准库


|    | INFO                                              |
|----|---------------------------------------------------|
| 0  | AF_ESP=0.00546;AF_EXAC=0.00165;AF_TGP=0.00619;... |
| 1  | AF_ESP=0.00015;AF_EXAC=0.00010;ALLELEID=514926... |
| 2  | ALLELEID=181485;CLNDISDB=MedGen:C4015293,OMIM:... |
| 3  | ALLELEID=514896;CLNDISDB=MedGen:C4015293,OMIM:... |
| 4  | AF_ESP=0.00515;AF_EXAC=0.00831;AF_TGP=0.00339;... |
| 5  | AF_ESP=0.40158;AF_EXAC=0.37025;AF_TGP=0.33886;... |
| 6  | ALLELEID=556509;CLNDISDB=MedGen:C4015293,OMIM:... |
| 7  | ALLELEID=556512;CLNDISDB=MedGen:C4015293,OMIM:... |
| 8  | ALLELEID=171289;CLNDISDB=MedGen:C4015293,OMIM:... |
| 9  | AF_EXAC=0.00001;ALLELEID=171288;CLNDISDB=MedGe... |
| 10 | AF_ESP=0.00038;AF_EXAC=0.00036;AF_TGP=0.00060;... |
| 11 | AF_ESP=0.00987;AF_EXAC=0.00772;AF_TGP=0.01558;... |
| 12 | AF_ESP=0.00070;AF_TGP=0.00080;ALLELEID=446981;... |
| 13 | AF_EXAC=0.00038;ALLELEID=446941;CLNDISDB=MedGe... |
| 14 | AF_EXAC=0.00114;AF_TGP=0.00958;ALLELEID=364282... |
| 15 | ALLELEID=556516;CLNDISDB=MedGen:C3808739,OMIM:... |
| 16 | AF_EXAC=0.00024;ALLELEID=364148;CLNDISDB=MedGe... |
| 17 | ALLELEID=514900;CLNDISDB=MedGen:C3808739,OMIM:... |
| 18 | AF_EXAC=0.42418;AF_TGP=0.28255;ALLELEID=133759... |
| 19 | ALLELEID=364285;CLNDISDB=MedGen:CN169374;CLNDN... |

Answer 1

想通了。效果很好，必须稍微清理一下结果并删除额外的 space 和逗号。

def my_func(x):
    return  [value.split("CLNDISDB=",1) for value in x.split(';') if 'CLNDISDB' in value]

df['CLNDISDB'] = [my_func(x) for x in df['INFO'].values]

Answer 2

这很有趣，所以设置数据框

import re
import pandas as pd
import numpy as np

test={'INFO':['AF_EXAC=0.42418;AF_TGP=-0.28255;ALLELEID=133759', 'foo','AF_EXAC=-0.42418;AF_TGP=0.28255;ALLELEID=133759']}
df=pd.DataFrame(test)

我们得到

    INFO
0   AF_EXAC=0.42418;AF_TGP=-0.28255;ALLELEID=133759
1   foo
2   AF_EXAC=-0.42418;AF_TGP=0.28255;ALLELEID=133759

现在使用 lambda 函数和条件，我们只需提取“AF_TGP”的值。设置一个新列，我们从值周围的正则表达式模式中提取数字。但是我们只使用运行正则表达式传递文本，使用 python.

中的 in 函数

df['a'] = df['INFO'].apply(lambda x: re.search(r'AF_TGP=(?P<number>[+-]?\d+\.\d+);', str(x)).group('number') if 'AF_TGP' in str(x) else np.nan)

这给出了结果

    INFO                                            a
0   AF_EXAC=0.42418;AF_TGP=-0.28255;ALLELEID=133759 -0.28255
1   foo                                             NaN
2   AF_EXAC=-0.42418;AF_TGP=0.28255;ALLELEID=133759 0.28255

解析子字符串和 return 值的数据框列

Parse dataframe column for substring and return value

python-3.x

pandas

dataframe

string-matching

string-parsing