Nextflow 不拉取 "latest" Docker 图片

Question

我运行正在使用两个虚拟机。一个 VM 用于运行ning nextflow，在另一个 VM 上有一个 Jenkins 构建服务器。 Jenkins 负责构建新的 Docker 图像并将新的 Docker 图像推送到我们的私人 google 容器注册表。

我的 nextflow.config 文件看起来像这样：

process {
    withLabel: awesome_image {
        container = "eu.gcr.io/best-project-1234/coolest_os:latest"
    }
}

使用 Jenkins 服务器构建新图像后，我运行正在创建一个新的 nextflow 脚本，我注意到 nextflow 仍在使用旧图像。经过一些研究 ()，我意识到这与我使用 latest 标签这一事实有关，并且由于 nextflow VM 上已经有一个名为 latest 的图像，nextflow 使用它一个并且不费心检查注册表。

问题：如何确保在 nextflow 的每个运行之前，它都会检查注册表中是否有更新的图像？或者，是否有一个 script/program 我可以在检查注册表（而不是 nextflow）的 VM 上运行？

谢谢。

Answer 1

Nextflow 使用 docker run 在容器中运行您的命令。如果您指定了一张尚未拉取的图像，docker run 将首先对图像执行 docker pull 到 download/localize。要再次检查注册表以获取更新的图像，您只需要确保在运行 Nextflow 之前调用 docker pull（针对每个图像）。如果您想在每次生成进程时检查注册表以获取更新的图像，请参阅下文。

经过一些研究，看起来最新的 Docker cli (v20.10.0) 现在有一个标志来修改运行容器时的拉取行为：

--pull string   Pull image before running ("always"|"missing"|"never") (default "missing")

这很好，因为这意味着现在应该可以在您的 nextflow.config:

中传递它

docker {
    enabled = true
    runOptions = '--pull=always'
}

但这将产生为每个生成的进程执行 docker pull 的开销，并且根据将新图像推送到您的注册表的时间，可能意味着某些进程在您的工作流执行期间获得不同的容器。如果您只需要 'latest' 容器而不关心再现性，这可能不是问题。

Nextflow 不拉取 "latest" Docker 图片

Nextflow Does Not Pull "latest" Docker Image

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