如何使用 kbl format = "markdown" 指定 kableExtra 选项？

Question

我正在尝试使用 bookdown 将 .bib 文件中的引文包含到 Rmarkdown 中的 kable table 中。如果我使用 kableExtra::kbl() 在 kable 中指定 format = "markdown"，则引用有效。但是将其提供给其他 kable_styling 格式选项不再有效并导致警告：

---
title: "Citation in landscape table"
site: bookdown::bookdown_site
output: 
  bookdown::pdf_book:
bibliography: [ref.bib]
biblio-style: apalike
---
```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
library('kableExtra')
```

```{r}
tmp <- data.frame('line' = c(1:3), 'ref' = c("no ref", "@R-base", "no ref"))
kbl(tmp, format = "markdown", longtable = TRUE, booktabs = TRUE, escape = FALSE) %>%
 kable_styling(latex_options =c("striped", "hold_position", "repeat_header", "scale_down")) %>%
 column_spec(2, width = "20em") %>%
 landscape()
```

这会导致生成的 pdf 中出现警告消息：

## Warning in kableExtra::kable_styling(., latex_options = c("striped",
## "hold_position", : Please specify format in kable. kableExtra can customize
## either HTML or LaTeX outputs. See https://haozhu233.github.io/kableExtra/ for
## details.
## Warning in column_spec(., 2, width = "20em"): Please specify format in
## kable. kableExtra can customize either HTML or LaTeX outputs. See https://
## haozhu233.github.io/kableExtra/ for details.
## Warning in kableExtra::landscape(.): Please specify format in kable. kableExtra
## can customize either HTML or LaTeX outputs. See https://haozhu233.github.io/
## kableExtra/ for details

如果我排除 format = "markdown" 选项，警告就会消失，我得到正确的 table 横向格式，但引用不再有效。

如何使用 kable_styling() 指定的选项获得景观 table 和 table 中的工作引用？

ref.bib的内容是：

@Manual{R-base,
  title = {R: A Language and Environment for Statistical
           Computing},
  author = {{R Core Team}},
  organization = {R Foundation for Statistical Computing},
  address = {Vienna, Austria},
  year = {2019},
  url = {https://www.R-project.org},
}

Answer 1

警告告诉您 kable 的样式函数不适用于 markdown 格式，因此您确实需要使用 format = "latex"（默认值）。

为了使引用在 table 中起作用，我们必须付出一些额外的努力，并且只使用 LaTeX 来处理引用（而不是让 knitr 事先做一些争论）。

设置一个包含 suitable LaTeX packahe（如 natbib）并指定参考书目样式的 .tex 文件preamble.tex：

preamble.tex
```
\usepackage{natbib}
\bibliographystyle{unsrtnat}
```

在您的 .Rmd YAML 中包含序言 header:

output: 
bookdown::pdf_book:
includes: 
  in_header: preamble.tex

通过在您的 .Rmd 中添加 \bibliography{ref} 来包含参考书目。使用 \cite{<your_reference>} 在文本中引用。请注意，\ 是 R 的特殊字符，如果在字符串中使用，则需要通过额外的 \ 进行转义：
```
tmp <- data.frame(
 'line' = c(1:3), 
 'ref' = c("no ref", "\cite{R-base}", "no ref")
)
```

示例：

Let's check that citations work: R \citep{R-base} is great!

```{r}
kbl(tmp, booktabs = T, escape = F) %>%
 kableExtra::kable_styling(
   latex_options = c("striped", "hold_position", "repeat_header")
   ) %>%  
  column_spec(2, width = "50em") %>%
landscape()
```

如何使用 kbl format = "markdown" 指定 kableExtra 选项？

How do I specify kableExtra options with kbl format = "markdown"?

r

r-markdown

bookdown

kable

citations