Perl：从多列文件的每一列计算切刀误差

Question

我正在尝试计算多列文件中每列的 jacknife 平均值和误差。我的示例数据文件如下所示：

$ cat data.HW2
1.1 2.1 3.1 4.1
1.2 2.2 3.2 4.2
1.3 2.3 3.3 4.3
1.4 2.4 3.4 4.4

我尝试的解决方案是定义最终大小与列数（在本例中为 4）相同的数组，并逐行迭代它们：

cat jackkinfe.pl

#! /usr/bin/perl
use warnings; use strict;
my @n=0;
my @x;
my $j;
my $i;
my $dg;
my @x_jack;
my @x_tot=0;
my $cols;
my $col_start=0;

# read in the data
while(<>)
{
  my @column = split();
  $cols=@column;
  foreach my $j ($col_start .. $#column) {
    $x[$n[$j]][$j] = $column[$j];
    $x_tot[$j] += $x[$n[$j]][$j];
    $n[$j]++;
  }
}
# Do the jackknife estimates
for ($j=$col_start; $j<$cols; $j++)
{
  for ($i = 0; $i < $n[$j]; $i++)
  {
    $x_jack[$i][$j] = ($x_tot[$j] - $x[$i][$j]) / ($n[$j] - 1);
  }
# Do the final jackknife estimate
  my @g_jack_av=0;
  my @g_jack_err=0;
  for ($i = 0; $i < $n[$j]; $i++)
  {
    $dg = $x_jack[$i][$j];
    $g_jack_av[$j] += $dg;
    $g_jack_err[$j] += $dg**2;
  }
  $g_jack_av[$j] /= $n[$j];
  $g_jack_err[$j] /= $n[$j];
  $g_jack_err[$j] = sqrt(($n[$j] - 1) * abs($g_jack_err[$j] - $g_jack_av[$j]**2));
  printf "%e %e ", $g_jack_av[$j], $g_jack_err[$j];
}
printf "\n";

它给了我以下两个警告：

$cat data.HW2 | perl jackknife.pl
Use of uninitialized value within @n in array element at cols_jacknife.pl line 19, <> line 1.
Use of uninitialized value within @n in array element at cols_jacknife.pl line 20, <> line 1.

在下面两行报错：

$x[$n[$j]][$j] = $column[$j];
$x_tot[$j] += $x[$n[$j]][$j];

但是我想根据数据文件的大小动态设置@n的大小

如何删除此警告？

对于我的 Perl 使用的任何其他建议也欢迎并非常感谢，因为我正在努力学习最佳实践。

Answer 1

你的这部分代码

my @n=0;
....
  foreach my $j ($col_start .. $#column) {
    $x[$n[$j]][$j] = $column[$j];
    $x_tot[$j] += $x[$n[$j]][$j];
    $n[$j]++;
  }

对于$j的每个值大于0都会触发一次警告，因为只定义了@n中的第一个元素：$n[0] = 0。只有在循环迭代结束时，数组值才最终定义，当它被增量运算符设置为 1 时 $n[$j]++.

从技术上讲，该代码仍会按您预期的那样工作，因为 undef 将转换为 0。所以....忽略警告应该是安全的。你可以在你的循环中做这样的事情来避免它：

$n[$j] //= 0;     # $n[$j] is defined, or set to 0

这相当于

if (not defined($n[$j])) {
    $n[$j] = 0;
}

Perl：从多列文件的每一列计算切刀误差

Perl: calculate jackknife error from of each column of a multi-column file

perl