在 Rmarkdown 中，有没有办法只为文档中引用的那些键创建 .bib 文件？

Question

我在 Rstudio 中使用 bookdown 为一个引用 bibtex 文件的引用的特定项目写了一篇手稿。这是我用于许多文档的单个 .bib 文件，因此它位于我的项目文件夹之外，并且包含许多当前手稿中未引用的参考文献。为了更容易分享，我想制作一个更小的 .bib 文件，只显示我在手稿中实际引用的那些参考文献。

其他问题解决了如何为以下对象执行此操作：

pure Tex 使用 .aux 文件中给出的引文。我可以通过设置 options(tinytex.clean = FALSE) 生成一个 .aux 文件，但它不包含任何引用。
pandoc/markdown，但我不知道如何将其应用于 Rmarkdown。

有谁知道对 Rmarkdown 文档执行此操作的方法吗？谢谢！

我正在使用这个 YAML header 并在 Rstudio 中编织：

output:
  bookdown::pdf_book:
    keep_tex: yes

完整会话信息：

> sessionInfo()
R version 3.6.3 (2020-02-29)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 18.04.5 LTS

Matrix products: default
BLAS:   /usr/lib/x86_64-linux-gnu/blas/libblas.so.3.7.1
LAPACK: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/lapack/liblapack.so.3.7.1

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_GB.UTF-8       LC_NUMERIC=C               LC_TIME=en_GB.UTF-8       
 [4] LC_COLLATE=en_GB.UTF-8     LC_MONETARY=en_GB.UTF-8    LC_MESSAGES=en_GB.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=en_GB.UTF-8       LC_NAME=C                  LC_ADDRESS=C              
[10] LC_TELEPHONE=C             LC_MEASUREMENT=en_GB.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] compiler_3.6.3  bookdown_0.20   htmltools_0.4.0 tools_3.6.3     yaml_2.2.0     
 [6] Rcpp_1.0.3      rmarkdown_2.3   knitr_1.29      xfun_0.15       digest_0.6.25  
[11] packrat_0.5.0   rlang_0.4.7     evaluate_0.14

Answer 1

由于您在 .Rmd 中写入，您可以使用以下 R 函数来清理您的 bib 文件：

library(stringr)

clean_bib <- function(input_file, input_bib, output_bib){
  lines <- paste(readLines(input_file), collapse = "")
  entries <- unique(str_match_all(lines, "@([a-zA-Z0-9]+)[,\. \?\!\]\;]")[[1]][, 2])

  bib <- paste(readLines(input_bib), collapse = "\n")
  bib <- unlist(strsplit(bib, "\n@"))

  output <- sapply(entries, grep, bib, value = T)
  output <- paste("@", output, sep = "")

  writeLines(unlist(output), output_bib)
}
# now call the function
clean_bib(...)

只需在设置块中调用即可。

这个函数有什么作用？它首先搜索输入文件中的所有引文，这意味着一个以 @ 开头、包含字母和数字并以逗号、点、问号、感叹号、space 或 ] 结尾的字符串——根据您的需要进行调整.

然后它构建一个新的 bib 文件，只包含这些条目。

在 Rmarkdown 中，有没有办法只为文档中引用的那些键创建 .bib 文件？

In Rmarkdown, is there a way to create a .bib file for only those keys cited in a document?

bibtex

r-markdown

bookdown