如何编写 Snakemake rule-all，其中 expand 语句可以处理所有特定输入文件的缺失

Question

我想写一个 Snakemake-Pipeline 来处理短读或长读测序文件或两种类型，具体取决于输入文件中提供的文件类型。首先，我的 Snakefile 调用一个 shell 脚本，该脚本创建一个配置文件，其中输入目录中标题 short_reads 下的所有短读文件的名称和标题 long_reads 下的所有长读文件的名称。接下来是我的所有规则：

rule all:
input:
expand("../qc/id/{sample}/fastqc_raw/{sample}_R1_fastqc.html", sample=config["samples_short"]),
expand("../qc/id/{sample}/nanoplot_raw/NanoPlot-report.html", sample=config["samples_long"])
...

但是，如果未提供其中一种文件类型（长读或短读），Snakemake 将失败并出现 KeyError。如果我以标题仍然存在但没有示例名称的方式修改配置文件，Snakemake 会尝试使用值 None 调用输入，例如

Missing input files for rule nanoplot_raw: ../raw_reads/None_ont.fastq.gz

我如何设计 rule-all 使其能够处理短读或长读以及两种序列类型作为输入？

感谢您的帮助！

Answer 1

以下是否有效？

if config["samples_short"]:
    fastqc_short = expand("../qc/id/{sample}/fastqc_raw/{sample}_R1_fastqc.html", sample=config["samples_short"])
else:
    fastqc_short = []

if config["samples_long"]:
    nanoplot_long = expand("../qc/id/{sample}/nanoplot_raw/NanoPlot-report.html", sample=config["samples_long"])
else:
    nanoplot_long = []

rule all:
    input:
        fastqc_short,
        nanoplot_long,
        ...

如何编写 Snakemake rule-all，其中 expand 语句可以处理所有特定输入文件的缺失

How to write a Snakemake rule-all, where expand statements can handle the absence of all particular input files

input

rules

expand

snakemake