MCMCglmm：提取建模固定效应的后验

Question

我需要从模型中提取每个固定效应的后验 SE 估计值。

出于说明目的，与我正在使用的数据集类似的数据集是基础 R 中的 ChickWeight 数据集。

我提取固定效应的后验估计和区间的方式是这样的：

#load package
library(lme4)

#model
m.surv<-lmer(weight ~ Time + Diet + (1|Chick), data=ChickWeight)

#load packages
library(MCMCglmm)
library(arm)

#set up for fixed effects
sm.surv<-sim(m.surv)
smfixef.surv=sm.surv@fixef
smfixef.surv=as.mcmc(smfixef.surv)

#which gives
> posterior.mode(smfixef.surv)
(Intercept)        Time       Diet2  ... 
  8.5963329   8.7034260   5.1220436  ...
> HPDinterval(smfixef.surv)
                   lower      upper
(Intercept) -0.90309142 21.3617805
Time         8.42279728  9.0306337
Diet2       -6.84371527 35.1745980
...
attr(,"Probability")
[1] 0.95
>

关于如何修改我的代码以提取固定效果（Time 和 Diet2）的 SE 的任何建议？

Answer 1

您可能希望从 smfixef.surv 的摘要统计信息中提取它们。

s <- summary(smfixef.surv)$statistics
s[grep("Time|Diet", rownames(s)), grep("SE", colnames(s))]
#         Naive SE Time-series SE
# Time  0.02046371     0.02046371
# Diet2 0.96785150     0.96785150
# Diet3 1.02553234     1.02553234
# Diet4 1.07393122     1.66512213

MCMCglmm：提取建模固定效应的后验

MCMCglmm: extract posterior se of modeled fixed effects

r

bayesian

mcmc

standard-error