根据地理距离矩阵的结果更改列

Question

我有一个如下所示的数据框：

long       lat       site
-141.37    61.13     x1
-149.1833  66.7333   x2
-149.667   67.667    x3
-141.3667  61.1157   x4

我想使用 distVincentyEllipsoid 计算所有 site 之间的距离。然后对于彼此相距 5 公里以内的那些站点，我想修改 site 名称以包含这两个站点。所以，在这个例子中 x1 和 x4 相距不到 5 公里，所以它会是这样的：

 long      lat       site  
-141.37    61.13     x1_x4    
-149.1833  66.7333   x2
-149.667   67.667    x3
-141.3667  61.1157   x1_x4

我知道我可以用这种方式计算所有 site 之间的矩阵：

df %>% dplyr::select('long', 'lat')
distm(df, fun = distVincentyEllipsoid)

但我不知道如何从那里获取它。

Answer 1

如果您将示例数据作为 R 代码提供，这将很有帮助，就像这样

x <- matrix(c(-141.37, 61.13, -149.1833, 66.7333, -149.667, 67.667, -141.3667, 61.1157), ncol=2, byrow=TRUE)
colnames(x) <- c("lon", "lat")
x <- data.frame(site=paste0("x", 1:4), x)

但感谢您展示预期的输出

解决方案：

按照你的建议，先做一个距离矩阵。然后将其分类为是否在阈值距离内，然后使用行 select 记录。请注意，我使用 distGeo --- 这是比 distVincentyEllipsoid.

更好的方法

library(geosphere)
m <- distm(x[, c("lon", "lat")], fun=distGeo)

m <- m < 5000
x$name <- apply(m, 1, function(i) paste(x$site[i], collapse="_"))
x
#  site       lon     lat    name
#1   x1 -141.3700 61.1300   x1_x4
#2   x2 -149.1833 66.7333      x2
#3   x3 -149.6670 67.6670      x3
#4   x4 -141.3667 61.1157   x1_x4

如果点很多，距离矩阵可能会变得太大。在那种情况下你可以做

y <- x[,  c("lon", "lat")]
for (i in 1:nrow(y)) {
   j <- distGeo(y[i, ], y) < 5000
   x$name[i] <- paste(x$site[j], collapse="_")
}

或者像这样

y <- x[,  c("lon", "lat")]
x$name <- x$site    
for (i in 1:nrow(y)) {
   j <- distGeo(y[i, ], y) < 5000
   if (any(j)) {
       x$name[i] <- paste(x$site[j], collapse="_")
   }
}

Answer 2

这是一个使用 tidyverse 的答案：

library(geosphere)

dist_mat <- distm(select(df, long, lat), fun = distVincentyEllipsoid)


df %>%
  mutate(site_new = map_chr(1:n(), ~paste0(df$site[which(dist_mat[,.x] <= 5000)], collapse = "_")))


# A tibble: 4 x 4
   long   lat site  site_new
  <dbl> <dbl> <chr> <chr>   
1 -141.  61.1 x1    x1_x4   
2 -149.  66.7 x2    x2      
3 -150.  67.7 x3    x3      
4 -141.  61.1 x4    x1_x4

根据地理距离矩阵的结果更改列

Alter a column based on results from geodistance matrix

r

geosphere