如何用ggpairs得到R^2？

Question

如何使 ggpairs 报告上角为 R^2 而不是相关性？

library(GGally)    
ggpairs(mtcars[c("mpg", "disp", "hp", "drat", "wt", "qsec")])

Answer 1

我认为您需要编写一个自定义函数，如下所示。（这种方法的一个警告是，与相关性不同，r^2 假定一个因变量，因此这可能不明智）。

library(GGally) # version 1.5.0

lm_fun <- function(data, mapping, ndp=2, ...){

    # Extract the relevant columns as data
    x <- eval_data_col(data, mapping$x)
    y <- eval_data_col(data, mapping$y)

    # Calculate the r^2 & format output
    m <- summary(lm(y ~ x))
    lbl <- paste("r^2: ", formatC(m$r.squared, digits=ndp, format="f"))

    # Write out label which is centered at x&y position
    ggplot(data=data, mapping=mapping) + 
      annotate("text", x=mean(x, na.rm=TRUE), y=mean(y, na.rm=TRUE), label=lbl, parse=TRUE, ...)+
      theme(panel.grid = element_blank()) 
  }

# Call
ggpairs(mtcars[c("mpg", "disp", "hp", "drat", "wt", "qsec")], 
        upper=list(continuous=lm_fun))

编辑：能否请您帮忙解释一下如何在 r^2 和值之间的 lbl 中添加新行？

您可以通过将相关代码更改为以下之一来使用 atop：

lbl <- substitute(atop(~r^2*':', v), 
                  list(v=formatC(m$r.squared, digits=ndp, format="f")))

或

 v <- formatC(m$r.squared, digits=ndp, format="f")
 lbl <- bquote(atop(~r^2*':', .(v)))

然后您需要调整 annotate 调用以正确解析标签

annotate("text", x=mean(x, na.rm=TRUE), y=mean(y, na.rm=TRUE), 
          label=deparse(lbl), parse=TRUE, hjust=0, ...)

我添加了 hjust=0 以尝试使文本左对齐，但这并不奏效。

如何用ggpairs得到R^2？

How to get R^2 with ggpairs?

r

ggplot2

ggally

ggpairs