在填充不同形状的图形上绘制不同颜色的选定点

Question

我目前正在尝试使用 ggplot2 绘制点图。数据分为 3 个类别，但对于每个类别，我想突出显示一些选定的点（或使它们在图中以不同方式显示）。没有像我在前面的例子中设法检查的那样的任何特殊特征（例如类别的最后一点，范围外的点，......）。

附件是我目前得到的图表的一般视图，其中每个类别都由默认形状表示。

困难在于，如何突出显示图表上的选定点，每个类别使用相同的形状，但颜色不同？所以每个点都是一样的，只是所选的点是黑色以外的颜色。我为每个类别选择了 15 个要绘制的点。

这可能与 ggplot2 相关吗？

我无法找到任何与我的情况类似的案例，而是之前的一些关于在绘图上手动分配颜色的示例。我只是想用不同的颜色而不是形状绘制类别，并使用 scale_fill_manual 以 2 种不同的颜色绘制点（所选点的基本颜色和颜色），但它不起作用，6 种颜色反而出现了。

> ggplot(gc, aes(x=Clades, y=GC, group=Genes, colour=Genes)) +
+ labs(x = "Clades", y = "GC Content (%)") +
+ ggtitle("GC Content across Clades") +
+ geom_point(size=3)+
+ scale_fill_manual(values=c("18S"="#333BFF", "ITS"="#333BFF", "rbcL"="#333BFF", "18S_C"="#CC6600", "ITS_C"="#CC6600", "rbcL_C"="#CC6600"))

如果可能的话，我还是希望它像第一张图一样，在所选点上绘制不同形状和不同颜色的点。

已更新：

这是我用作输入的制表符分隔文件的一部分：

Clades  Genes   GC  Selected
A   18S 51.13   Y
A   18S 51.05   
AA  18S 50.35   
AC  18S 49.67   Y
AC  18S 49.65   
C   18S 49.44   
C   18S 50.06   Y
E   18S 50.06   Y
E   18S 50.18   
F   rbcL    41.32   
F   rbcL    38.87   Y
H   rbcL    39.92   Y
I   rbcL    39.29   Y
I   rbcL    37.69   
K   ITS 53.55   
L   ITS 61.3    
L   ITS 60.78   
L   ITS 60.52   
M   ITS 59.97   
O   ITS 61.72   
O   ITS 60.43   Y
R   ITS 50.58   
R   ITS 51.1

所需的输出：

所选点为黄色。

如果需要更多详细信息，请告诉我。谢谢！

Answer 1

为了达到您想要的结果，您可以将变量 Selected 映射到 color 并将 Genes 映射到 shape。

作为第一步，我重新编码了 Selected，因为我不确定它是否包含缺失字符串或空字符串。如果您不想使用颜色图例，可以添加 guides(color=FALSE).

gc$Selected <- ifelse(gc$Selected %in% "Y", "Y", "N")

library(ggplot2)

ggplot(gc, aes(x=Clades, y=GC, shape=Genes, colour=Selected)) +
  labs(x = "Clades", y = "GC Content (%)", title = "GC Content across Clades") +
  geom_point(size=3) +
  scale_color_manual(values = c(Y = "yellow", N = "black"))

编辑据我所知，没有简单的开箱即用解决方案可以将离散轴的标签放在网格线之间。实现此目的的一种选择是将分类 Clades 转换为连续变量，即数字。这将在主要网格线之外自动添加次要网格线。然后可以使用主题选项删除主要网格线：

breaks <- unique(as.numeric(factor(gc$Clades)))
labels <- unique(factor(gc$Clades))

ggplot(gc, aes(x=as.numeric(factor(Clades)), y=GC, shape=Genes, colour=Selected)) +
  labs(x = "Clades", y = "GC Content (%)", title = "GC Content across Clades") +
  geom_point(size=3) +
  scale_x_continuous(breaks = breaks, labels = labels) +
  scale_color_manual(values = c(Y = "yellow", N = "black")) +
  theme(panel.grid.major.x = element_blank())

数据

text <- "Clades  Genes   GC  Selected
A   18S 51.13   Y
A   18S 51.05   NA
AA  18S 50.35   NA
AC  18S 49.67   Y
AC  18S 49.65   NA
C   18S 49.44   NA
C   18S 50.06   Y
E   18S 50.06   Y
E   18S 50.18   NA
F   rbcL    41.32   NA
F   rbcL    38.87   Y
H   rbcL    39.92   Y
I   rbcL    39.29   Y
I   rbcL    37.69   NA
K   ITS 53.55   NA
L   ITS 61.3    NA
L   ITS 60.78   NA
L   ITS 60.52   NA
M   ITS 59.97   NA
O   ITS 61.72   NA
O   ITS 60.43   Y
R   ITS 50.58   NA
R   ITS 51.1    NA"

gc <- read.table(text = text, header = TRUE)

在填充不同形状的图形上绘制不同颜色的选定点

Plot selected points with different colors, on graphs filled with different shapes

r

ggplot2

geom-point