Networkx 未按属性正确着色边缘

Question

我试图在 networkx 中描绘一个传输网络，到目前为止我一直做得很好，但问题如下：我已经从一个 txt 文件中加载了一个边缘列表，它的格式如下：

等此外，为了在正确的位置绘制网络节点，我已经加载并添加到图表中，其中包含节点坐标的 txt，格式如下：

1   478947.434  4204495.502
2   478909.145  4204244.629
3   479065.936  4204709.003
4   478880.827  4204297.676
5   478993.409  4204167.957

在那之后，我运行下面的脚本和我的网络被正确描述，位置明智。

import networkx as nx
import numpy as py
import copy
import matplotlib.pyplot as plt
import xlwings as xw
from xlwings import Book, Range

pos={}
with open(r'C:\Users\alexl\Documents\new_python\nodes_coordinates.txt') as f:
    for line in f:
        node, x, y = line.split()
        pos[node] = float(x), float(y)

print(pos)
network0 = nx.read_edgelist(r'C:\Users\alexl\Documents\new_python\init_edgelist.txt', create_using = nx.OrderedDiGraph)

nx.draw(network0, pos = pos, with_labels = True, edge_color = G, edge_cmap = plt.cm.Reds, connectionstyle = 'arc3,rad=0.1')
         

plt.show()

现在，我想要的是正确地为每条边分配“权重”，并用这个属性给它上色。对于每条边，有 3 种可能的结果，0、1 和 2，所以我想要 3 种不同的颜色，例如，红色代表 0，绿色代表 1，蓝色代表 2。我有一个像这样的 Python 字典:

{0: 1.0, 1: 1.0, 2: 0.0, 3: 1.0, 4: 1.0, 5: 0.0, 6: 0.0, 7: 0.0, 8: 1.0,...

etc.The 第一个值 (1.0) 对应于上面边缘列表的第一个边缘，第二个 (1.0) 对应于第二个边缘，依此类推。但是我看到 networkx 不理解这一点并且没有正确着色我的网络.我将字典转换为列表并执行了以下操作：

var1 = G.values()
list1 = list(var1)
col = []
for n in range(len(list1)):
    if list1[n] == 0:
        col.append('b')
    elif list1[n] == 1:
        #col.append('r')
    else:
        #col.append('g') 
nx.draw(network0, pos = pos, with_labels = True, edge_color = col, edge_cmap = plt.cm.Reds, connectionstyle = 'arc3,rad=0.1')

我检查了结果，但对应的不正确。我认为，如果列表中有 32 个“0”，它会用我分配给它的颜色为 32 个边着色，但不是正确的颜色。（但每次我运行相同的 32 条边都是这样着色的，所以它可能不是随机的。）我想知道哪里不对。我也尝试将其作为字典（不转换为列表），但实际上颜色超过 3 种，我不知道为什么。我是否应该尝试将这些值（0、1、1、2 等）添加到 edgelist.txt 以便正确完成分配？

Answer 1

传递给绘图函数的边的顺序很重要。
您需要确保您的 edge_color 列表 (col) 与 network0.edges 的顺序相同，而事实并非如此。

发生这种情况是因为 network0.edges 与您的 init_edgelist.txt 文件的顺序不同，正如您可能假设的那样。

要检查这一点，请尝试打印 network0.edges 并进行比较。

解决方案

相反，我建议在创建 network0 时向边缘添加带有假装颜色的边缘权重，如下所示：

G = {0: 1.0, 1: 1.0, 2: 0.0, 3: 1.0, 4: 1.0, 5: 0.0, 6: 0.0, 7: 0.0, 8: 1.0}
list1 = list(G.values())
col = []
for n in range(len(list1)):
    if list1[n] == 0:
        col.append('b')
    elif list1[n] == 1:
        col.append('r')
    else:
        col.append('g') 


network0 = nx.OrderedDiGraph()
i = 0
with open(r'init_edgelist.txt') as f:
    for line in f:
        n1, n2 = line.split()
        network0.add_edge(n1, n2, color = col[i])
        i += 1

那么你只需要提取颜色并绘制：

colors = [network0[u][v]['color'] for u,v in network0.edges()]

nx.draw(network0, pos = pos, with_labels = True, edge_color = colors, edge_cmap = plt.cm.Reds, connectionstyle='arc3,rad=0.1')

完整代码:

import networkx as nx
import numpy as py
import copy
import matplotlib.pyplot as plt
import xlwings as xw
from xlwings import Book, Range

pos={}
with open(r'nodes_coordinates.txt') as f:
    for line in f:
        node, x, y = line.split()
        pos[node] = float(x), float(y)

#print(pos)

G = {0: 1.0, 1: 1.0, 2: 0.0, 3: 1.0, 4: 1.0, 5: 0.0, 6: 0.0, 7: 0.0, 8: 1.0}
list1 = list(G.values())
col=[]
for n in range(len(list1)):
    if list1[n] == 0:
        col.append('b')
    elif list1[n] == 1:
        col.append('r')
    else:
        col.append('g') 

network0 = nx.OrderedDiGraph()

i = 0
with open(r'init_edgelist.txt') as f:
    for line in f:
        n1, n2 = line.split()
        network0.add_edge(n1,n2, color=col[i])
        i += 1

#print(network0.edges())

colors = [network0[u][v]['color'] for u,v in network0.edges()]

nx.draw(network0,pos=pos,with_labels=True,edge_color=colors,edge_cmap=plt.cm.Reds, connectionstyle='arc3,rad=0.1')

Networkx 未按属性正确着色边缘

Networkx not coloring edges correctly by attribute

python

graph

networkx

dataframe

graph-coloring

解决方案

完整代码: