无法在 Jupyter 中使用 RDKit 或 iPython

Question

我想在 Jupyter 环境中使用 RDKit。但是，在我按照 this document.

中概述的程序进行操作之后

完成流程后，包括获取 jupyter 的内核，我尝试访问 RDKit 并使用它。

(rdkit-test) [user] ~ $ python
Python 3.7.9 (default, Aug 31 2020, 07:22:35)
[Clang 10.0.0 ] :: Anaconda, Inc. on darwin
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import sys
>>> sys.executable
'/Users/user/opt/anaconda3/envs/rdkit-test/bin/python'
>>> import rdkit
>>>
[6]+  Stopped                 python

直接从测试 anaconda 环境 rdkit-test，我似乎可以访问 rdkit 并用它进行测试。

现在，我尝试通过 iPython:

访问它

(rdkit-test) [user] ~ $ ipython
Python 3.8.7 (v3.8.7:6503f05dd5, Dec 21 2020, 12:45:15)
Type 'copyright', 'credits' or 'license' for more information
IPython 7.17.0 -- An enhanced Interactive Python. Type '?' for help.

In [1]: import sys

In [2]: sys.executable
Out[2]: '/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.8/bin/python3.8'

In [3]: import rdkit
---------------------------------------------------------------------------
ModuleNotFoundError                       Traceback (most recent call last)
<ipython-input-3-6b72bd8913ab> in <module>
----> 1 import rdkit

ModuleNotFoundError: No module named 'rdkit'

我似乎无法访问 rdkit。我还可以从我的 sys.executable 命令中看到我不在写环境中。

我在 Jupyter notebook 中看到同样的问题：

如何解决此问题并在 Jupyter 或 iPython 中使用 RDKit？

Answer 1

您应该使用 !pip install kora。然后，使用 import kora.install.rdkit.

无法在 Jupyter 中使用 RDKit 或 iPython

Unable to use RDKit in Jupyter or iPython

python

rdkit

jupyter-notebook