95% CI 输出的问题 - R 中的 gtsummary 包
Problem with 95% CI output - gtsummary package in R
有时,我发现 95% CI 使用 gtsummary 包的输出是这样的(见下图)。有时我注意到这是因为它不喜欢变量名中的冒号、space 或撇号,或者因为因子水平中有 NA。当我更改名称时,CI 已修复。然而这一次似乎并非如此。任何想法可能是此输出的原因?
谢谢
fit3 <- glmer(cclintr ~ SEX + Rg + agroup + death +
psource_group + region + BMI + HOSPVENT +
PATMANICU + fibandflutter + MEDHISTO_03 +
MEDHISTO_35 + Cerebrovasc_group
smo_vape + DOCUSYMP_12 + admonth + (1|FACILITY_DISPLAY_ID),
data= filthosp,
family = binomial,
nAGQ = 1,
control=glmerControl(optimizer="bobyqa",optCtrl=list(maxfun=2e5)))
#Summary into table
library(gtsummary)
f2model_tab <- fit3 %>%
tbl_regression(exponentiate = TRUE ) %>%
bold_labels() %>%
bold_p(t= 0.05)
从我们在这里看到的情况来看,gtsummary 正在报告它应该报告的内容。问题是 admonth 变量的 BM 水平的置信界限是巨大的。系数为 -13.8,标准误差为 74。如果我们自己计算置信上限,它将是:
-13.8 + 1.96 * 74 = 131.24
然后我们取幂得到比值比:
exp(131.24) = 9.92e+56 !!
tbl_regression()
函数默认使用 style_ratio()
函数格式化和舍入边界,它不使用科学记数法(因此打印出巨大的数字)。您可以使用 tbl_regression(estimate_fun=)
参数传递另一个函数来四舍五入使用科学记数法的估计值,因此打印看起来并不乱。
除此之外,我建议您稍微尝试一下您的模型,看看是否可以获得更合理的估计。
编程愉快!
有时,我发现 95% CI 使用 gtsummary 包的输出是这样的(见下图)。有时我注意到这是因为它不喜欢变量名中的冒号、space 或撇号,或者因为因子水平中有 NA。当我更改名称时,CI 已修复。然而这一次似乎并非如此。任何想法可能是此输出的原因?
谢谢
fit3 <- glmer(cclintr ~ SEX + Rg + agroup + death +
psource_group + region + BMI + HOSPVENT +
PATMANICU + fibandflutter + MEDHISTO_03 +
MEDHISTO_35 + Cerebrovasc_group
smo_vape + DOCUSYMP_12 + admonth + (1|FACILITY_DISPLAY_ID),
data= filthosp,
family = binomial,
nAGQ = 1,
control=glmerControl(optimizer="bobyqa",optCtrl=list(maxfun=2e5)))
#Summary into table
library(gtsummary)
f2model_tab <- fit3 %>%
tbl_regression(exponentiate = TRUE ) %>%
bold_labels() %>%
bold_p(t= 0.05)
从我们在这里看到的情况来看,gtsummary 正在报告它应该报告的内容。问题是 admonth 变量的 BM 水平的置信界限是巨大的。系数为 -13.8,标准误差为 74。如果我们自己计算置信上限,它将是:
-13.8 + 1.96 * 74 = 131.24
然后我们取幂得到比值比:
exp(131.24) = 9.92e+56 !!
tbl_regression()
函数默认使用 style_ratio()
函数格式化和舍入边界,它不使用科学记数法(因此打印出巨大的数字)。您可以使用 tbl_regression(estimate_fun=)
参数传递另一个函数来四舍五入使用科学记数法的估计值,因此打印看起来并不乱。
除此之外,我建议您稍微尝试一下您的模型,看看是否可以获得更合理的估计。
编程愉快!