当 Rscript 和 rstan 运行 作为 cron 作业时的不同行为
Different behavior when Rscript & rstan is run as a cron job
我尝试 运行 定期使用 R 脚本来更新网页。从这样的终端调用脚本 运行 没问题：
/usr/local/bin/Rscript /Users/me/path/myscript.R
但是，如果我尝试 运行将其作为 cron 作业，则会出现错误。我像这样将作业添加到 crontab：
46 10 * * * /usr/local/bin/Rscript '/Users/me/path/myscript.R' >> '/Users/me/path/mylog.log' 2>&1
脚本在 R 中执行 运行，但由于错误而中止。具体来说，我使用 rstan 拟合了一些模型，并得到了一个初始化错误。 （该错误仅适用于某些模型，而其他模型仍然 运行 正常。）初始化值根据定义是有效的，但似乎没有正确使用。这就像 rstan 在通过 cron 运行 时以不同的方式（而且是错误的）进行数学计算。
无论我 运行 终端中的脚本还是作为 cron 作业，来自 R 的会话信息都是相同的。我的问题是，根据脚本的不同，还有什么可能会有所不同 运行。当 运行 作为 cron 作业时，rstan 可以使用不同版本的 C++ 吗？我可能需要设置其他路径才能使其正常工作吗？
更新：如果我 运行 它在终端中使用 R CMD BATCH，该脚本也有效，但如果我在 cron 作业中使用 R CMD BATCH 则无效。使用 launchd 会触发相同的问题。我还尝试使用 CmdStan 到 cmdstanr，同样的事情发生了：在添加到 cron 作业之前运行良好。
编辑 2：我认为 运行 在 cron 中很好的模型，实际上并不好。结果是错误的，直到我使用下面解释的修复方法。
看来我终于设法解决了这个问题，我将我的解决方案发布在这里供遇到相同问题的任何人使用。
I 运行 env 在终端中查看我当前的用户环境。我将完整的输出复制粘贴到我的 crontab 文件的顶部。 （仅仅添加 PATH 变量是不够的。我想是 SHELL 或 PATH 和 SHELL 都起作用了，但我还没有进一步探讨这个问题。）
为了编辑我用户的 crontab，我 运行 crontab -e，然后按 i 编辑文件，将 env 中的所有内容粘贴到文件顶部，按 ctrl + c 停止编辑，输入 :wq 并按回车键退出。
我尝试 运行 定期使用 R 脚本来更新网页。从这样的终端调用脚本 运行 没问题：
/usr/local/bin/Rscript /Users/me/path/myscript.R
但是，如果我尝试 运行将其作为 cron 作业，则会出现错误。我像这样将作业添加到 crontab：
46 10 * * * /usr/local/bin/Rscript '/Users/me/path/myscript.R' >> '/Users/me/path/mylog.log' 2>&1
脚本在 R 中执行 运行，但由于错误而中止。具体来说，我使用 rstan 拟合了一些模型，并得到了一个初始化错误。 （该错误仅适用于某些模型，而其他模型仍然 运行 正常。）初始化值根据定义是有效的，但似乎没有正确使用。这就像 rstan 在通过 cron 运行 时以不同的方式（而且是错误的）进行数学计算。
无论我 运行 终端中的脚本还是作为 cron 作业，来自 R 的会话信息都是相同的。我的问题是，根据脚本的不同，还有什么可能会有所不同 运行。当 运行 作为 cron 作业时，rstan 可以使用不同版本的 C++ 吗？我可能需要设置其他路径才能使其正常工作吗？
更新：如果我 运行 它在终端中使用 R CMD BATCH，该脚本也有效，但如果我在 cron 作业中使用 R CMD BATCH 则无效。使用 launchd 会触发相同的问题。我还尝试使用 CmdStan 到 cmdstanr，同样的事情发生了：在添加到 cron 作业之前运行良好。
编辑 2：我认为 运行 在 cron 中很好的模型，实际上并不好。结果是错误的，直到我使用下面解释的修复方法。
看来我终于设法解决了这个问题，我将我的解决方案发布在这里供遇到相同问题的任何人使用。
I 运行 env 在终端中查看我当前的用户环境。我将完整的输出复制粘贴到我的 crontab 文件的顶部。 （仅仅添加 PATH 变量是不够的。我想是 SHELL 或 PATH 和 SHELL 都起作用了，但我还没有进一步探讨这个问题。）
为了编辑我用户的 crontab，我 运行 crontab -e，然后按 i 编辑文件，将 env 中的所有内容粘贴到文件顶部，按 ctrl + c 停止编辑，输入 :wq 并按回车键退出。