在 Linux 集群中尝试 运行 代码时未找到 Matplotlib
Matplotlib not found when trying to run code in Linux cluster
我正在 运行ning 一个 Julia 脚本，同时通过 ssh 进入 Linux 集群。代码加载matplotlib如下：
import Distributed
using Distributed
@everywhere pushfirst!(Base.DEPOT_PATH,"/tmp/test.cache")
@everywhere import PyCall
@everywhere import PyPlot
@everywhere pyimport matplotlib.pyplot as mpl
当我从终端 运行 我的代码工作正常。但是，当我通过 Torque 提交作业时，输出文件 can be found here, and appears to suggest that the code cannot find matplotlib.
我对上面的内容有点困惑。为什么我在终端里运行代码正常运行，提交PBS文件就不行了？为什么找不到matplotlib？它使用 usr/bin/ 中的 python，我认为这是我的默认值 python。我试过 运行ning pip，但它说 matplotlib 已更新。在尝试导入 matplotlib 之前，我还导入了其他包（如 numpy 和 datetime），并且没有错误。当我 运行 Julia 在集群的终端中调用 PyCall，然后 运行
julia> @pyimport matplotlib
加载完全正常。我做错了什么？
相关问题（与我的 .pbs 文件有关）可以在 此处找到：运行ning Julia on cluster 时缓存中缺少模块 FixedPointNumbers
.
编辑：一件事是，当我 运行 Julia 通常在 ssh 进入集群时（即，只是在终端中，而不是通过提交 .pbs 文件），我得到了错误
Warning: No working GUI backend found for matplotlib
这会导致我在提交作业时遇到问题吗？
问题涉及我链接到 Julia 的 Python 包。这个版本的 Python 没有安装 matplotlib，要在这个版本的 python 上正确安装 matplotlib 的唯一方法是拥有管理员权限。我解决这个问题的方法是将 Julia 中的 Python 环境设置为 Julia 自己的 Conda 发行版：
julia> ENV["PYTHON"] = ""
然后我用 Conda 安装了 matplotlib。最后，我确保在 .pbs 文件中始终使用相同版本的 Julia；即，
module load julia/my_version
进行这些更改后，一切似乎都运行良好。
我正在 运行ning 一个 Julia 脚本，同时通过 ssh 进入 Linux 集群。代码加载matplotlib如下：
import Distributed
using Distributed
@everywhere pushfirst!(Base.DEPOT_PATH,"/tmp/test.cache")
@everywhere import PyCall
@everywhere import PyPlot
@everywhere pyimport matplotlib.pyplot as mpl
当我从终端 运行 我的代码工作正常。但是，当我通过 Torque 提交作业时，输出文件 can be found here, and appears to suggest that the code cannot find matplotlib.
我对上面的内容有点困惑。为什么我在终端里运行代码正常运行，提交PBS文件就不行了？为什么找不到matplotlib？它使用 usr/bin/ 中的 python，我认为这是我的默认值 python。我试过 运行ning pip，但它说 matplotlib 已更新。在尝试导入 matplotlib 之前，我还导入了其他包（如 numpy 和 datetime），并且没有错误。当我 运行 Julia 在集群的终端中调用 PyCall，然后 运行
julia> @pyimport matplotlib
加载完全正常。我做错了什么？
相关问题（与我的 .pbs 文件有关）可以在 此处找到：运行ning Julia on cluster 时缓存中缺少模块 FixedPointNumbers .
编辑：一件事是，当我 运行 Julia 通常在 ssh 进入集群时（即，只是在终端中，而不是通过提交 .pbs 文件），我得到了错误
Warning: No working GUI backend found for matplotlib
这会导致我在提交作业时遇到问题吗？
问题涉及我链接到 Julia 的 Python 包。这个版本的 Python 没有安装 matplotlib，要在这个版本的 python 上正确安装 matplotlib 的唯一方法是拥有管理员权限。我解决这个问题的方法是将 Julia 中的 Python 环境设置为 Julia 自己的 Conda 发行版：
julia> ENV["PYTHON"] = ""
然后我用 Conda 安装了 matplotlib。最后，我确保在 .pbs 文件中始终使用相同版本的 Julia；即，
module load julia/my_version
进行这些更改后，一切似乎都运行良好。