来自 Perl sub 的非字符参数错误，但在 R 中有效

Question

我有一个运行良好的简单 R 脚本：

library(gplots)
A <- c("dog", "cat", "monkey", "fish", "cow", "frog")
B <- c("cat", "frog", "aardvark", "monkey", "cow", "lizard", "bison", "goat")

png('tmp.png')
venn(list(A=A,B=B))

我正在尝试编写一个 perl 子例程，它将使用 Statistics::R 包在 R 中执行上述操作：

#!/usr/bin/env perl

use strict;
use warnings FATAL => 'all';
use feature 'say';
use autodie ':all';
use Carp 'confess';
use Statistics::R;

my @t1 = ("dog", "cat", "monkey", "fish", "cow", "frog");
my @t2 = ("cat", "frog", "aardvark", "monkey", "cow", "lizard", "bison", "goat");
my %data = (
    A => [@t1],
    B => [@t2]
);
sub venn {
    my ($args) = @_;
    unless (defined $args->{output_filestem}) {
        confess "venn diagram needs an output filename" 
    }
    if (scalar keys %{ $args->{data} } < 2) {
        printf("There are %u keys in data.\n", scalar keys %{ $args->{data} });
        confess 'There must be >= 2 keys in data.';
    }
    my $R = Statistics::R->new();
    foreach my $key (keys %{ $args->{data} }) {
        $R -> set("$key", $args->{data}{key});
    }
    say __LINE__;
    if (defined $args->{output_type}) {
        $R -> run(`$args->{output_type}('$args->{output_stem}.$args->{output_type}')`);
    } else { # output EPS file is default
        $args->{output_type} = 'eps';
        $R -> run(
            q`setEPS()`,
            qq`postscript('$args->{output_filestem}.eps')`,
        );
    }
    my @venn;
    foreach my $key (sort keys %{ $args->{data} }) {
        push @venn, "$key=$key"
    }
    my $venn_cmd = 'venn(list(' . join (', ', @venn) . '))';
    say $venn_cmd;
    $R -> run(q`library(gplots)`);
    $R -> run(qq`$venn_cmd`);
    say "wrote $args->{output_filename}";
    return $args->{output_filename}
}

venn({
    data => \%data,
    output_filestem => 'venn'
});

但是运行这个 Perl 脚本产生了一个错误：

venn(list(A=A, B=B))

Error:
strsplit(names(map), character(0), fixed = TRUE) : 
  non-character argument
Calls: venn -> vennMembers -> do.call -> strsplit
Execution halted
Command exited with non-zero status 29

Non character argument in R string split function (strsplit) 中有类似的内容，但我不知道如何将其中的内容应用到我的案例中。

也许这是 Statistics::R 中的一些错误？ Perl 子程序的输入应与 R 脚本相同。

我不知道是什么原因导致的，因为我使用的 R 命令与工作 R 脚本相同。

为什么 Perl sub 会失败，即使它与 R 脚本完全一样？

Answer 1

缺少印记：

$R -> set("$key", $args->{data}{key});

应该是

$R -> set("$key", $args->{data}{$key});
#                               ^

否则，A 和 B 填充 undef 会导致错误。

顺便说一句，"$key" 与 $key 相同。无需双引号变量。

来自 Perl sub 的非字符参数错误，但在 R 中有效

non-character argument error from Perl sub, but works in R

perl

r