如何将 samtools mileup 与 varscan trio caller 进行管道连接？

Question

我已经看到如下使用 varscan 管道 samtools

samtools mpileup -f reference.fasta sample1.bam sample2.bam | java -jar VarScan.jar mpileup2snp

但是如何为 varscan trio 传输以下管道

#Generate a three-sample mpileup
samtools mpileup -B -q 1 \
     -f ref.fasta \
     dad.bam mom.bam child.bam > trio.mpileup

#Run VarScan trio
varscan trio \
     trio.mpileup \ #this is input
     trio.mpileup.output \ #this is output
     --min-coverage 10 --min-var-freq 0.20 --p-value 0.05 \ 
     -adj-var-freq 0.05 -adj-p-value 0.15

Answer 1

不知道 varscan 是否支持这个（甚至它是什么），但是试试

#Generate a three-sample mpileup
samtools mpileup -B -q 1 \
     -f ref.fasta \
     dad.bam mom.bam child.bam |

varscan trio \
     - \
     trio.mpileup.output \
     --min-coverage 10 --min-var-freq 0.20 --p-value 0.05 \ 
     -adj-var-freq 0.05 -adj-p-value 0.15

如果您使用 Bash，您可以将 - 替换为 /dev/stdin，它看起来 varscan 就像一个文件名一样。

如何将 samtools mileup 与 varscan trio caller 进行管道连接？

How to pipe samtools mileup with varscan trio caller?

bash

pipe

samtools