coeftest() 给出错误与 drc class object

Question

我正在尝试重现补充示例 2 连续响应：一个 dose-response 曲线 from the drc package.

尝试运行时 coeftest(ryegrass.LL.4, vcov = sandwich)，我收到以下错误：

Error in UseMethod("estfun") : 
 no applicable method for 'estfun' applied to an object of class "drc".

我尝试 google 错误但没有成功，并使用 vcov. 而不是 vcov （因为 vcov。在 R 中自动建议，但文章使用 vcov）和仍然有同样的错误。

有什么解决办法吗？

Session 信息：

R version 4.0.3 (2020-10-10)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 10 x64 (build 19041)

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] lmtest_0.9-38  zoo_1.8-8      sandwich_3.0-0 drc_3.0-1      MASS_7.3-53   

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] zip_2.1.1         Rcpp_1.0.5        pillar_1.4.7      compiler_4.0.3    cellranger_1.1.0 
 [6] forcats_0.5.0     tools_4.0.3       lifecycle_0.2.0   tibble_3.0.4      lattice_0.20-41  
[11] pkgconfig_2.0.3   rlang_0.4.8       Matrix_1.2-18     openxlsx_4.2.3    rstudioapi_0.13  
[16] curl_4.3          mvtnorm_1.1-1     haven_2.3.1       xfun_0.18         rio_0.5.16       
[21] vctrs_0.3.5       gtools_3.8.2      hms_0.5.3         grid_4.0.3        data.table_1.13.4
[26] R6_2.5.0          plotrix_3.7-8     survival_3.2-7    readxl_1.3.1      foreign_0.8-80   
[31] multcomp_1.4-15   TH.data_1.0-10    carData_3.0-4     car_3.0-10        magrittr_1.5     
[36] scales_1.1.1      codetools_0.2-16  splines_4.0.3     ellipsis_0.3.1    abind_1.4-5      
[41] colorspace_2.0-0  tinytex_0.26      stringi_1.5.3     munsell_0.5.0     crayon_1.3.4

Answer 1

@jay.sf 是对的，estfun 是 sandwich 包中的一个函数。并且它被定义为一个泛型函数。只需输入 estfun 并按回车键，您就会看到

function (x, ...) 
{
  UseMethod("estfun")
}

这意味着如果它看到 class "drc" 的对象（ryegrass.LL.4 是），它会搜索一个名为 estfun.drc 的函数来应用。如果它是 class "foo" 的对象，它会尝试找到 estfun.foo。有关详细信息，请参阅 a chapter on S3 classes in H. Wickham's book。

实际上，drc 包甚至提供了一种方法 estfun.drc - 以及来自 sandwich 的 bread 泛型的配套 bread.drc 方法。但是，由于这些方法没有正式注册到 drc 包中，因此不会被相应的泛型函数找到。在旧版本的 R 中，这曾经有效，但现在已被禁用。仅基于命名约定对 estfun.drc 的调度仅适用于全局环境中的函数，但不适用于包中的函数。因此，一个快速而肮脏的解决方案是在全局环境中创建函数的副本：

estfun.drc <- drc::estfun.drc
bread.drc <- drc::bread.drc

更好的方法是将函数注册为 S3 方法，而不是复制它们：

registerS3method("estfun", "drc", drc::estfun.drc)
registerS3method("bread", "drc", drc::bread.drc)

当然，如果drc在包中这样做就更好了，这样作为用户的您就不必这样做了。也许作者会愿意相应地更新包。

Answer 2

coeftest(model1, vcov.dcr=sandwich)

coeftest() 给出错误与 drc class object

coeftest() gives error with drc class object

r

drc