为什么这个字符串没有变成大写？

Question

所以我有一个氨基酸文件，我正在尝试阅读 mdvfmkglskakegvvaaaektkqgvaeaagktkegvlyvgsktkegvvhgvatvaektk eqvtnvggavvtgvtavaqktvegagsiaaatgfvkkdqlgkneegapqegiledmpvdp dneayempseegyqdyepea

我有一个名为氨基酸的大写字母列表。问题是我无法读取序列，因为字母是小写的。我一直在努力把它变成大写。读取文件没有问题，我认为我已经成功地将其内容转换为字符串（但也许我没有？）。

aminoacids = ['A','C','D','E','F','G','H','I','K','L','M','N','P','Q','R','S','T','V','W','Y']
content1 = fh.readline() #first line, which is not the sequence
        #print content1
charline1 = len(content1)-1 #number of characters in the first line
        #print charline1
contentall = fh.readlines() #each line is converted into a string and put into a list
        #print contentall
numlines = len(contentall) #number of elements in list = number of lines, not the first one
        #print numlines
contentjoined = ''.join(contentall) #list elements are combined, but this includes new lines as characters
contentjoined = contentjoined.translate(None, "\n")
contentjoined = contentjoined.translate(None,''.join([i for i in contentjoined if i not in aminoacids]))
contentjoined = contentjoined.upper()
print contentjoined
numaa = len(contentjoined)
print numaa #this shouldn't be zero but it is

为什么这不起作用？我能做些什么来修复它？我现在处于 with 状态...这以前不是问题，但现在是了吗？ Numaa 是 0，而它不应该是。我意识到我可以在我的列表中添加小写字母，但应该有更多 "pythonic" 方法来解决这个问题。

Answer 1

是否因为在检查 aminoacids 中的字符串后将字符串设为大写？尝试将 contentjoined = contentjoined.upper() 向上移动一两行。

当您检查 aminoacids 时，您为 str.translate 提供了一个完全小写的字符串，因此它与字符串不匹配。它最终看起来像这样：

>>> c = contentjoined.translate(None,''.join([i for i in contentjoined if i not in aminoacids]))
>>> c
''

如果您先调用 upper，您将比较一个大写字符串和一个大写字符串列表，因此您实际上会有匹配项。它看起来像这样：

>>> contentjoined = contentjoined.upper()
>>> c = contentjoined.translate(None,''.join([i for i in contentjoined if i not in aminoacids]))
>>> c
'MDVFMKGLSKAKEGVVAAAEKTKQGVAEAAGKTKEGVLYVGSKTKEGVVHGVATVAEKTKEQVTNVGGAVVTGVTAVAQKTVEGAGSIAAATGFVKKDQLGKNEEGAPQEGILEDMPVDPDNEAYEMPSEEGYQDYEPEA'

如果想保留字符串为小写字母，可以只与大写字母进行比较，保留小写字母即可。看起来像这样：

>>> c = contentjoined.translate(None,''.join([i for i in contentjoined.upper() if i not in aminoacids]))
>>> c
'mdvfmkglskakegvvaaaektkqgvaeaagktkegvlyvgsktkegvvhgvatvaektkeqvtnvggavvtgvtavaqktvegagsiaaatgfvkkdqlgkneegapqegiledmpvdpdneayempseegyqdyepea'

Answer 2

问题出在您的 translate() 命令中：

contentjoined = contentjoined.translate(None, "\n")
contentjoined = contentjoined.translate(None,''.join([i for i in contentjoined if i not in aminoacids]))

在这里，您要用 None 替换找到的所有内容（嗯，我不确定 contentjoined 或 aminoacids 中有什么数据）。喜欢如果你尝试：

>>>temp = "this is a test string"
>>>temp.translate(None, "aeiou")
>>>'ths s  tst strng' #THIS IS OUTPUT

所以我猜你的整个字符串都变成了 None。查看 translate() Docs

Answer 3

拉入文件时，您可以将所有内容转换为大写。也许是这样的？

with open('myfile.txt', 'r') as f:
    data = f.read().upper()

print(data)
'MDVFMKGLSKAKEGVVAAAEKTKQGVAEAAGKTKEGVLYVGSKTKEGVVHGVATVAEKTK\nEQVTNVGGAVVTGVTAVAQKTVEGAGSIAAATGFVKKDQLGKNEEGAPQEGILEDMPVDP\nDNEAYEMPSEEGYQDYEPEA\n'

为什么这个字符串没有变成大写？

Why does this string not change to uppercase?

python

string

uppercase